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ありがとうございました 削除/引用 No.1095-6 - 2009/08/25 (火) 16:37:21 - I

(無題) 削除/引用 No.1095-5 - 2009/08/25 (火) 16:28:23 - I おお様、AP様、どうもありがとうございました。 理解できました。特に、コドン表はありがたい情報でした。

(無題) 削除/引用 No.1095-4 - 2009/08/25 (火) 10:49:12 - AP ばかの一つ覚えみたいですが。この業界でわからないことがあったら、まず第一にMolecular Cloningを見てみましょう。degenerate primerでIはC, T, Aと対合しうるとあります（サンガー法の伸長反応ではIはGの代わりに取り込まれる、つまりCともっぱら対合するみたいですが）。また、Iを使ったときに推奨されるコドン表も載っています。 もちろん、複数の塩基と対になりうるので、ワイルドカード的に使えるのことをdegenerate primerを設計に利用するわけです。

(無題) 削除/引用 No.1095-2 - 2009/08/25 (火) 09:14:31 - おお ttp://en.wikipedia.org/wiki/Inosine#Biotechnology When designing primers for polymerase chain reaction, inosine is useful in that it will indiscriminately pair with adenine, thymine, or cytosine. This allows for design of primers that span a single nucleotide polymorphism, without the polymorphism disrupting the primer's annealing efficiency. ttp://www.dartmouth.edu/~ambros/protocols/other/koelle/degenerate_PCR.html 2) the use of inosine as a "neutral" base Inosine is a purine (which occurs naturally in tRNAs) that can form base pairs with cytidine, thymidine, and adenosine (although the inosine:adenosine pairing presumably doesn't fit quite correctly in double stranded DNA, so there may be an energetic penalty to pay when the helix bulges out at this purine:purine pairing). Recently, most people have been using inosine in their primers at positions where any of the four bases might be required. Each use of inosine thus reduces the degeneracy of the primer pool 4-fold.

縮重プライマー中のイノシンへの対応は？ 削除/引用 No.1095-1 - 2009/08/24 (月) 18:49:04 - I いつも勉強させていただいています。 蛋白質が先に取得された場合、縮重プライマーを利用してその蛋白質をコードする遺伝子を取得することが一般的に行われます。この際に使用される縮重プライマーの設計において、イノシンを用いることがしばしばありますが、このイノシンはPCRをかけた時に相補とされる塩基は何になるのでしょうか？ イノシンはアデノシン（アデニンでないことは承知です）の脱アミノだから、Tか？とか、イノシンはグアノシンに似ているようだからCか？とか勘ぐってみたものの、答えがわかりません。どなたかご教授いただけませんでしょうか。

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