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DNase処理 トピック削除
No.1060-TOPIC - 2009/08/17 (月) 12:35:25 - RNA
現在、組織から抽出したRNAをRT-PCRにかけようと考えています。
ただ、ゲノムのコンタミがあるので、DNase処理をする必要があると思うのですが、一度、10ugのRNAをDNase処理したら、極端に回収量が減ってしまし、PCRに必要な量が回収できません。

3Mの酢酸ナトリウムとイソプロパノールで沈殿させているのですが、チューブ内にも沈澱が見えてきません。
おそらく、収量が少ないためと思うのですが、原因がわかりません。
試薬もすべて新しくしているのですが、なんとも先に進みません。
ご意見をお聞かせください。
 
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(無題) 削除/引用
No.1060-3 - 2009/08/17 (月) 13:46:03 - in situ
まず、本当にとれているのがRNAなのかどうかをチェックするために、アガロースで泳動してみるとよいと思います。
変性アガロースで泳動するのがベターですが、非変性の普通のDNA泳動用アガロースでもリボソーマルRNAのバンドが二つ見えるはずです。

RNAは何でとられたのでしょうか?

あと、10ugだとペレットは見えないかもしれません。

(無題) 削除/引用
No.1060-2 - 2009/08/17 (月) 13:35:36 - ふりすくん
そもそも10ugのRNAではなく、その殆どがDNAだったんじゃ…。

DNase処理 削除/引用
No.1060-1 - 2009/08/17 (月) 12:35:25 - RNA
現在、組織から抽出したRNAをRT-PCRにかけようと考えています。
ただ、ゲノムのコンタミがあるので、DNase処理をする必要があると思うのですが、一度、10ugのRNAをDNase処理したら、極端に回収量が減ってしまし、PCRに必要な量が回収できません。

3Mの酢酸ナトリウムとイソプロパノールで沈殿させているのですが、チューブ内にも沈澱が見えてきません。
おそらく、収量が少ないためと思うのですが、原因がわかりません。
試薬もすべて新しくしているのですが、なんとも先に進みません。
ご意見をお聞かせください。

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