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ラット消化管からのDNA&RNA&タンパク抽出 トピック削除
No.1043-TOPIC - 2009/08/13 (木) 11:33:17 - 院生その1
実験について初心者の大学院生です。
周りに聞ける人がいないのでお願いします。

ラットの消化管からDNAおよびRNA抽出およびタンパク抽出を行う予定です。

一つ目は、ラットの胃、空腸、回腸、結腸の定義はどこかに載っていますか、もしくは定義はわかりますか?

二つ目は、胃などの内容物や結腸の便はどのように取り除くのですか?
いろいろな本を読むと消化管は腐敗しやすいとありますが、解剖後に生理食塩水で洗ったりすればいいのですか?ちがう溶液の方がいいですか?
RNA抽出をするのでRNaseの影響を受けずに便を取り除く方法はありますか?

非常に基本的な質問ですみませんが、よろしくお願いします。
 
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ありがとうございました。 削除/引用
No.1043-11 - 2009/08/18 (火) 08:10:34 - 院生その1
ホルモン大好き 様

どうもありがとうございました。
参考にさせていただきます。

皆様のおかげで、まずは何とかなりそうです。
どうもありがとうございましたm(__)m

(無題) 削除/引用
No.1043-10 - 2009/08/17 (月) 18:46:57 - ホルモン大好き
腸管の吸収、透過性評価や伸縮反応などの薬理実験のときは、端にコネクターなどをつけますのでそれを重しにして結構厳密に測りますが、腸管の蛋白質や核酸を回収するときは腸管を横に広げて結構アバウトに測ってしまいます。
それよりもlaterか液窒に入れるまでの時間の短縮を気にします。

なるほど… 削除/引用
No.1043-9 - 2009/08/16 (日) 22:30:43 - 院生その1
腸管 さま
皆様

ありがとうございました。
等分かもしくは、盲腸より何cmなどのようにサンプル採取を行います。

それから、長さを測定するときは、文献を参考にすると、「5gのテンションをかけて測定」などと記載されていることが多い(テンションは様々)のですが、具体的にはどのように測定するか御存じですか。

よろしくお願いいたします。

たしか・・・ 削除/引用
No.1043-8 - 2009/08/16 (日) 11:14:31 - 腸管
ラットではなく、マウスの腸管を取っていた時なんですが

空腸と回腸って太さが違っていたような気が・・・
回腸の方が細かった気が・・・

あいまいですみません


すでに、記載されていますが、空腸・回腸などに分けるのではなく
最近は、胃の直後から盲腸の直前まで切り出して
四等分して小腸入口とか小腸出口のように分けてサンプリングしています。

(無題) 削除/引用
No.1043-7 - 2009/08/14 (金) 12:24:08 - アリッサ・シェアーズちゃん
> ちなみに、消化管の洗浄はニードル(キャップつき)のキャップ先端をカットして、適当な容量のシリンジに装着・エアリークを無くしたものをつかっています。

院生その1さま.すみません,↓抜けていました.
このキャップの先端に200ulのチップを装着します.そして,パラフィルムなどで装着部のエアリークを防ぎます.

ふぅ〜,酔っぱらってレス付けるものではないですね,反省します.

ありがとうございました 削除/引用
No.1043-6 - 2009/08/14 (金) 08:55:09 - 院生その1
ami さん
ピペド さん
アリッサ・シェアーズちゃん さん
ホルモン大好き さん

本当にどうもありがとうございました。

ラットのアトラスや実験手引き書などで厳密に空腸、回腸を定義しているものは見つからず、ヒトでの空腸、回腸の定義(厳密とはいえませんが)をあてはめてよいものか悩んでおりました。

PBSや生食以外で何かあれば…と思ったのですが。
今のところ、生食で消化管内容物を除去後に、RNAlaterに浸漬する予定です。

参考図書はラットの断面解剖アトラスですが、他におすすめはありますか。

(無題) 削除/引用
No.1043-5 - 2009/08/14 (金) 07:50:43 - ホルモン大好き
腸組織は連続的に変化しているので、胃、十二指腸はまだしも空腸、回腸の境目はおそらくやられる実験の中で判断するのは難しいように思います。
消化管の部位毎の検討を行なおうというなら、ラットの大きさを統一して、幽門以下何cm、盲腸より上何cmの部分というように区切っていくか、あるいは全長を等分に分割するのが近道ですかね。
http://ja.wikipedia.org/wiki/%E8%85%B8
http://www.med.akita-u.ac.jp/~doubutu/tosho/anatomy.html

腸内容物のフラッシュは冷生理食塩水か冷PBSを注射筒で管腔内に通して行なってます。ただ大腸部はフラッシュだけでは中々便をとりきれないため、実験モデルに支障がなければ、絶食させてみるのも手かと。(やったことはありません。すいません。)また腸組織サンプルはプロテアーゼリッチだし腸内細菌もいるので劣化が激しいように思います。なるべく短期間で一気にやるのがいいです。

胃はタッチしたことないのでわかりません。

(無題) 削除/引用
No.1043-4 - 2009/08/14 (金) 03:23:07 - アリッサ・シェアーズちゃん
> ラットの消化管からDNAおよびRNA抽出およびタンパク抽出を行う予定です。
>
> 二つ目は、胃などの内容物や結腸の便はどのように取り除くのですか?
> いろいろな本を読むと消化管は腐敗しやすいとありますが、解剖後に生理食塩水で洗ったりすればいいのですか?ちがう溶液の方がいいですか?
> RNA抽出をするのでRNaseの影響を受けずに便を取り除く方法はありますか?

まず、消化管が(上皮とか)一様な組織ではありませんので消化管の何の部分なのかで抽出の方法が変わってくるかと思いました。肝臓とかだと楽そうですけど、やったことないので詳細は諸兄方のレスが付くといいですね。

で、二つ目のは諸兄方が仰る様に清浄な溶液で洗浄したら良いと思います。この時、特別な理由がなければ冷PBSなど使い、極力短時間で洗浄・抽出を行えばよろしいかと(もしくは安定化後に洗浄?)。RNAや蛋白などは分解に配慮しないといけないですよね?

ちなみに、消化管の洗浄はニードル(キャップつき)のキャップ先端をカットして、適当な容量のシリンジに装着・エアリークを無くしたものをつかっています。

参考になれば幸いです(現時点で酩酊状態のいっぽ手前ですwごめんなさい)

(無題) 削除/引用
No.1043-3 - 2009/08/14 (金) 01:58:12 - ピペド
amiさまに同意です。

組織部位の特定は今後研究を進めていく上で基本中の基本です。
場所もわからない組織を研究対象にしようとしているのですか?

消化管内容物は普通にクリーンなPBS、生理食塩水で洗浄すれば普通にRNAは取れます。

そのあたりは・・・ 削除/引用
No.1043-2 - 2009/08/13 (木) 12:09:36 - ami
どこまでわかっているのかが記されていないので、もうだいぶ分かっていてこういう質問をされているのかもしれませんけど、、ちゃんとまず自分で調べた方がいいんじゃないかなぁと、、、思います。かなり基本の基本の基本だと思います。

ラット消化管からのDNA&RNA&タンパク抽出 削除/引用
No.1043-1 - 2009/08/13 (木) 11:33:17 - 院生その1
実験について初心者の大学院生です。
周りに聞ける人がいないのでお願いします。

ラットの消化管からDNAおよびRNA抽出およびタンパク抽出を行う予定です。

一つ目は、ラットの胃、空腸、回腸、結腸の定義はどこかに載っていますか、もしくは定義はわかりますか?

二つ目は、胃などの内容物や結腸の便はどのように取り除くのですか?
いろいろな本を読むと消化管は腐敗しやすいとありますが、解剖後に生理食塩水で洗ったりすればいいのですか?ちがう溶液の方がいいですか?
RNA抽出をするのでRNaseの影響を受けずに便を取り除く方法はありますか?

非常に基本的な質問ですみませんが、よろしくお願いします。

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