どりあえず、基本的にどちらも変わらない、と言っておきましょう。
合成オリゴをラベルする場合、原理的に(カラムに固定した3'末端のヌクレオチドに順次基質を加え、3'->5'方向に伸長する)、3'末端ラベルの方がやりやすいし低コスト(のはず)。DIGやbiotinなどメジャーな標識は3'でも5'でも価格は変わらないメーカーが多いけれど、マイナーな標識では5'標識が取り扱われていないか、価格が高くなっていることがある。
酵素的に標識するなら、実質上3'末端標識しか選びようがない。
多くのexonucleaseの特性から、分解は3'末端から起こりやすいので、nucleaseが残存するようなコンディションでは、3'末端標識のほうが失われやすいのかも? |
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