Bio Technical フォーラム

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ビオチン修飾5´か3´か・・・ トピック削除
No.1035-TOPIC - 2009/08/12 (水) 10:40:42 - とんこー
ビオチンやDIGなどのハプテンでプローブを修飾する際、
5´側と3 ´側とでISHを行う上で、何か違いはあるのでしょうか?
 
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(無題) 削除/引用
No.1035-2 - 2009/08/12 (水) 20:43:14 - AP
どりあえず、基本的にどちらも変わらない、と言っておきましょう。

合成オリゴをラベルする場合、原理的に(カラムに固定した3'末端のヌクレオチドに順次基質を加え、3'->5'方向に伸長する)、3'末端ラベルの方がやりやすいし低コスト(のはず)。DIGやbiotinなどメジャーな標識は3'でも5'でも価格は変わらないメーカーが多いけれど、マイナーな標識では5'標識が取り扱われていないか、価格が高くなっていることがある。

酵素的に標識するなら、実質上3'末端標識しか選びようがない。

多くのexonucleaseの特性から、分解は3'末端から起こりやすいので、nucleaseが残存するようなコンディションでは、3'末端標識のほうが失われやすいのかも?

ビオチン修飾5´か3´か・・・ 削除/引用
No.1035-1 - 2009/08/12 (水) 10:40:42 - とんこー
ビオチンやDIGなどのハプテンでプローブを修飾する際、
5´側と3 ´側とでISHを行う上で、何か違いはあるのでしょうか?

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