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TSAによるCARD-FISH トピック削除
No.1033-TOPIC - 2009/08/12 (水) 09:20:58 - 文子
rRNAをターゲットとし、パーキンエルマー社のキット(TSA Plus Cyanine 3 system)を用いTSA-FISH(CARD-FISH)法でCy3の蛍光強度の増幅を行おうと考えているのですが、手元に5´末端をビオチンで修飾したprobeしかありません。
可能でしょうか?
 
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No.1033-5 - 2009/08/13 (木) 00:54:49 - AP
>感度は高くないですが、標的がrRNAとのことなので、めちゃくちゃコピー数が多いはずなので感度は足りるかと思います。

というかTSAで増感する必要があるのかしらん。

(無題) 削除/引用
No.1033-4 - 2009/08/13 (木) 00:53:00 - AP
それに加えて、アビジン(ストレプトアビジン)-POが必要なようですね。任意の方法で一次標識や、それを捕捉してPO標識をつけることができるように、それに関する試薬は同梱になっていないようです。

5'末端標識ということは、オリゴヌクレオチドプローブでしょうか。CJさんの懸念のように感度は高くないですが、標的がrRNAとのことなので、めちゃくちゃコピー数が多いはずなので感度は足りるかと思います。むしろプローブ配列の複雑さが足りないゆえの非特異的ハイブリや、プローブの短さからのduplexの不安定さが問題になるかもしれません。

(無題) 削除/引用
No.1033-3 - 2009/08/12 (水) 21:37:34 - CJ
と書いたのですが、もしかして私とんでもない勘違いをしてますか?プローブ末端のみ標識、という意味と解釈しましたが、違いました?

(無題) 削除/引用
No.1033-2 - 2009/08/12 (水) 21:17:37 - CJ
私はCARD-FISHというのはやったことがないので、参考意見ですが、
末端しか標識されていないんですよね?それじゃああまりにも感度が低すぎると思います(標的あたり1分子しかビオチンがついてない)。私はTSAでFISHを良くやりますが、通常はUTPを標識してやります。TSAはアルカリフォスファターゼを使った検出法より感度が低いのでなおさらです。
UTPを標識してはいけない理由はあるのですか?

TSAによるCARD-FISH 削除/引用
No.1033-1 - 2009/08/12 (水) 09:20:58 - 文子
rRNAをターゲットとし、パーキンエルマー社のキット(TSA Plus Cyanine 3 system)を用いTSA-FISH(CARD-FISH)法でCy3の蛍光強度の増幅を行おうと考えているのですが、手元に5´末端をビオチンで修飾したprobeしかありません。
可能でしょうか?

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