Bio Technical フォーラム

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Cre-LoxPについて トピック削除
No.9990-TOPIC - 2021/10/21 (木) 18:05:16 - R1
Cre-LoxPについて論文を読んでいて疑問を持ちましたのでよかったら教えてくださると有り難いです。
LoxP配列は34塩基のはずです。
ゲノムPCRで野生マウスとコンディショナルマウス(F/F)ではLoxPを挟んでPCRすると34塩基程度の差を持つバンドが出ると思うのですが、論文を読んでると150塩基の違いとして表示されています。
これはなぜなのでしょうか?

実は論文に限らず、私が所属する研究室で行うコンディショナルマウスのPCRでもLoxPを挟むPCRにも関わらず125塩基の差としてバンドが出ていました。

おかしいなと思い、論文を読んだら、ああ、これもだ、と思って質問してしまいました。
マウスのPCRは助手の方がやられておられるので質問してもわからないかもしれません。
初歩的な質問で大変恐縮ですが、おしえていただけますと嬉しいです。
 
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(無題) 削除/引用
No.9990-2 - 2021/10/22 (金) 15:50:21 - AA
個々の系統ごとに細部が違うと思いますが、端的にいえばloxp配列と一緒に別の配列が持ち込まれているからです。
例えば、ESを使ったジーンターゲティングの場合、細胞のスクリーニング用の耐性遺伝子カセットがあったりします。
後で取り除けるようにFRTなどが入っていたりもしますが、それでも一部が残ったりしてその分がPCR産物に含まれたりするとloxP+アルファが産物の長さの違いとなるわけです。

Cre-LoxPについて 削除/引用
No.9990-1 - 2021/10/21 (木) 18:05:16 - R1
Cre-LoxPについて論文を読んでいて疑問を持ちましたのでよかったら教えてくださると有り難いです。
LoxP配列は34塩基のはずです。
ゲノムPCRで野生マウスとコンディショナルマウス(F/F)ではLoxPを挟んでPCRすると34塩基程度の差を持つバンドが出ると思うのですが、論文を読んでると150塩基の違いとして表示されています。
これはなぜなのでしょうか?

実は論文に限らず、私が所属する研究室で行うコンディショナルマウスのPCRでもLoxPを挟むPCRにも関わらず125塩基の差としてバンドが出ていました。

おかしいなと思い、論文を読んだら、ああ、これもだ、と思って質問してしまいました。
マウスのPCRは助手の方がやられておられるので質問してもわからないかもしれません。
初歩的な質問で大変恐縮ですが、おしえていただけますと嬉しいです。

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