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(無題) 削除/引用 No.9968-7 - 2021/10/13 (水) 11:58:31 - おお ＞ゲルシフトアッセイなどでも、結合のない状態を0として、結合力を数値で表す方法があれば良いなとも思っています。 移動度ではなくシフトしたバンドのIntensityで結合の強さを見積もるのでは？シフトしてないDNA量との比でKDは算出できるはず。 UV当てると蛋白と核酸でX-linkするので、核酸の方をビオチンなどでラベルして、蛋白とX-linkしてからビオチンを使ってPull downし、WBで結合したタンパク量を定量化することもできる。 単にUV照射でX-LinkしにくいようだったらPhotoreactiveな核酸アナログを使うてもある。以下の文献以外にも色々な核酸アナログがあると思う。 https://www.nature.com/articles/s41598-018-34892-9 RIを使わないなら一度結合した蛋白を回収しないと行けないけど、核酸をRIラベルできるならクロスリンク後、DNaseやRNaseで結合してない部分の核酸を削って、SDSPAGEするとその蛋白の分子量のところに放射性活性が見れるので、X-ray filmかImagerでバンドを検出して必要なら定量化すればいい。

(無題) 削除/引用 No.9968-6 - 2021/10/13 (水) 11:10:43 - あああ 追記です。 それとゲルシフトアッセイでは原理から考えて、仮に分子間相互作用が同じであっても、遺伝子に結合する分子のほうの電荷や分子量が影響してしまうのでは？と懸念しています。 陽極方向への移動は遺伝子のマイナス荷電によるので、結合する分子が中性か、プラス荷電かで移動度が変わるのではないかと思います。ですので、バンドの位置関係だけでどちらの分子の結合力が強いと言い切れないのではないかと思っています。

(無題) 削除/引用 No.9968-5 - 2021/10/13 (水) 10:33:49 - あああ 散々様 ありがとうございます。やはり基本はゲルシフトアッセイですね。 そちらは一応上手くいきました。ただゲルシフトアッセイでは分子間の結合の強さをバンドの位置で相対的に見ることができても、それを絶対的な数値として示せないでおります。 分子間相互作用をKD値などの絶対的な数値として示すことができないか？と考えているところです。 ゲルシフトアッセイなどでも、結合のない状態を0として、結合力を数値で表す方法があれば良いなとも思っています。 何か良い案をお持ちでしたらご教示お願いいたします。

(無題) 削除/引用 No.9968-4 - 2021/10/13 (水) 09:40:59 - 散々 まずはゲルシフトアッセイから。 費用はほとんど掛からない。

(無題) 削除/引用 No.9968-3 - 2021/10/12 (火) 13:41:44 - あああ WInter-8様 ありがとうございます。このような仕組みがあるのですね。ビアコアを借りることができたとして、それをきちんと扱えるかどうか考えないといけませんが、魅力的です。

(無題) 削除/引用 No.9968-2 - 2021/10/11 (月) 21:42:26 - WInter-8 受託測定にするか、自分で測定するかにも依りますが、こちらで探してはいかがでしょうか。 大学連携研究設備ネットワーク https://chem-eqnet.ims.ac.jp

分子間相互作用 削除/引用 No.9968-1 - 2021/10/11 (月) 20:37:23 - あああ いつも勉強させてもらっています。ペプチドと遺伝子の分子間相互作用を測定したいと思っています。相互作用が微弱なのかELISAなどではうまくいかず、できればビアコアなどの表面プラズモン共鳴法(Surface Plasmon Resonance: SPR)で定量的に分子間相互作用を測定したいと思っています。施設内に機器はなく、外部受託で測定の見積もりをお願いしたところ、予備試験＋本試験、複数サンプルで100万円以上になる見積もりでした・・・。 さすがに高すぎて、手が出ません。 どうにかして安価かつ定量的に分子間相互作用解析を実施できないかと考えているのですが、代替の手段や、あるいは電顕撮影と同じくらいの価格帯で測定を請け負ってくれるところをご存じないでしょうか？

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