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bleeding exonとは トピック削除
No.9949-TOPIC - 2021/10/04 (月) 16:23:47 - A
選択的スプライシングについての論文を読んでいると"bleeding exon"という単語が出てきたのですが、調べてもあまり詳しい説明が出てきません
「bleeding exonとは他の遺伝子ではイントロンとして認識される、先端や末端に位置するエクソンのことである」という記述を唯一見つけたのですが、その意味で合っているのでしょうか
またそうすると、bleeding exonは選択的スプライシングと直接の関係は無い概念(?)ということでしょうか?
 
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(無題) 削除/引用
No.9949-3 - 2021/10/06 (水) 10:51:05 - A
おお さん、ありがとうございます
全体像が掴めてきた気がします

上げてくださったものも含めてまとめると
・遺伝子内部のイントロンがポリA化されて後ろのエクソンが省略されることがある
・そのため内部のエクソンが3'末端になることがある(=狭義のcomposite exon?)
・それとは別に、内部イントロンのポリA化で、通常はイントロンの場所が末端エクソンとして残ることもある(=2つ目の文献で言うskipped terminal exon?)

あたりがざっくりまとめてbleeding exon(あるいはcomposite exon)と呼ばれているように読めました

(無題) 削除/引用
No.9949-2 - 2021/10/05 (火) 04:17:14 - おお
the open reading frame (ORF) of the alternative terminal exon could potentially extend into the intron (Figure 3A), a scenario referred to as a “composite” or “bleeding” exon (Tian et al., 2007).

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867412006502#figs6

上記の“composite” or “bleeding” exonのリファレンス。
https://genome.cshlp.org/content/17/2/156.full

Alternative splicingによってExonがイントロンにあるPolyA siteまで延長されてそこでTerminationが起こる(Intronの一部を含む)ようなことを言っているように思える。

bleeding exonとは 削除/引用
No.9949-1 - 2021/10/04 (月) 16:23:47 - A
選択的スプライシングについての論文を読んでいると"bleeding exon"という単語が出てきたのですが、調べてもあまり詳しい説明が出てきません
「bleeding exonとは他の遺伝子ではイントロンとして認識される、先端や末端に位置するエクソンのことである」という記述を唯一見つけたのですが、その意味で合っているのでしょうか
またそうすると、bleeding exonは選択的スプライシングと直接の関係は無い概念(?)ということでしょうか?

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