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(無題) 削除/引用 No.9884-4 - 2021/08/28 (土) 01:53:50 - tree お二方ご返信ありがとうございます。 GaNさんの、high-fidelityの酵素なので問題ないということと、G25さんの、変な配列は増幅効率が悪く増えないという点について、非常に納得しました！ 疑問が解決しました。ありがとうございました！

(無題) 削除/引用 No.9884-3 - 2021/08/27 (金) 19:25:11 - G25 Taqのように5'exo活性のある酵素ならそういうこともあり得るでしょう。 5'exoの活性のない酵素でもstrand displacement活性（進行方向の鋳型が二本鎖になっているとき、鋳型に対合している鎖を引っ剥がしながら伸長を続ける）を持つものは少なくないので、環状鋳型の場合は一周回って伸長開始プライマーを追い越すってことはある。 しかーし、いずれの場合にも、環状鋳型から一度、娘鎖ができれば、あとは線形直鎖の鋳型を使ったPCRになるのだから（PCRで環状鋳型が増幅するわけではない）。プライマー部位を通り過ぎたような変な娘鎖ができたとしても、そういうのは増えない。うまく行ったやつだけが増えるわけだから、変な産物が取れるわけじゃない。

(無題) 削除/引用 No.9884-2 - 2021/08/27 (金) 16:51:46 - GaN 通常、inverse PCRで使用するポリメラーゼは5'-3'exonuclease活性のないArchaea由来のhigh-fidelityの酵素なので問題になりません。

インバースPCRとエキスヌクレアーゼ活性について 削除/引用 No.9884-1 - 2021/08/27 (金) 15:09:29 - tree インバースPCRについてもしお分かりになる方がいれば教えていただきたいです。 プラスミドを線状化するために、FとRのプライマーでインバースPCRを行った場合、線状化されたプロダクトの両端は使用したプライマー配列になるかと思います。 ここからは私の個人的な疑問になりまして、インバースPCRでポリメラーゼがプラスミドを一周して、プライマーの5'末端に到達した場合、ポリメラーゼの5'-3'エキソヌクレアーゼ活性によりプライマーが5'側から削られ、分解と合成が進んでいくということはないのでしょうか？ そうなった場合、線状化されたプロダクトの両端はプライマー配列ではなく、プラスミド中の配列のどこかになるようなイメージなのですが、こういったことはあり得ないのでしょうか？ 的外れな考えをしていたら申し訳ありません。 ふとした疑問なのですが、教えていただける方がいらっしゃればうれしいです。 宜しくお願いいたします。

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