Bio Technical フォーラム

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Cas9-sgRNA処理したPCR産物を泳動すると上にバンドが出る トピック削除
No.9849-TOPIC - 2021/08/10 (火) 14:05:30 - ppcp
いつもお世話になっております。

ある遺伝子Aを編集するため、sgRNAを設計し、とりあえず切断効率を見ることにしました。sgRNAの配列近傍のPCRし、産物とspCas9-sgRNA複合体を混ぜて37℃1時間Incubateしてから泳動しました。
切断されていれば342bpのシングルバンド→254/88bp2本のバンドになると思っていたのですが、なぜか342bp(これは未切断のものだろうからいいんですが)と600bpあたりにバンドがでるという結果になってしまいました。うっすら出ているノンスペという感じではなく、はっきりしたバンドです。

CRISPR-Cas9はやり始めたばかりで、この結果の原因がわかりません。
どなたかアドバイスを頂けると助かります。 
 
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(無題) 削除/引用
No.9849-4 - 2021/08/10 (火) 16:25:45 - ppcp
ありがとうございます。
早速明日やってみます!

(無題) 削除/引用
No.9849-3 - 2021/08/10 (火) 16:21:59 - noname
SDS入りのloading bufferで、熱処理をしてから泳動すれば解決すると思います。

(無題) 削除/引用
No.9849-2 - 2021/08/10 (火) 15:10:44 - あかね
Cas9は切断後もDNAに結合したままになっています。

Cas9-sgRNA処理したPCR産物を泳動すると上にバンドが出る 削除/引用
No.9849-1 - 2021/08/10 (火) 14:05:30 - ppcp
いつもお世話になっております。

ある遺伝子Aを編集するため、sgRNAを設計し、とりあえず切断効率を見ることにしました。sgRNAの配列近傍のPCRし、産物とspCas9-sgRNA複合体を混ぜて37℃1時間Incubateしてから泳動しました。
切断されていれば342bpのシングルバンド→254/88bp2本のバンドになると思っていたのですが、なぜか342bp(これは未切断のものだろうからいいんですが)と600bpあたりにバンドがでるという結果になってしまいました。うっすら出ているノンスペという感じではなく、はっきりしたバンドです。

CRISPR-Cas9はやり始めたばかりで、この結果の原因がわかりません。
どなたかアドバイスを頂けると助かります。 

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