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(無題) 削除/引用 No.9833-5 - 2021/08/04 (水) 23:03:07 - ガンガン FFPE由来のRNAです。ライブラリー作成以降は、外注に任せたので、ブラックボックス化していました。 RNA-seqは基本的には、mRNAを読むので、polyA selectionがかかっていそうですね。 そうなると3UTR周辺に極端なピークがあるのもうなずける。。。

(無題) 削除/引用 No.9833-4 - 2021/08/04 (水) 18:05:05 - seventh 大きく分解の程度が違う（かつployA精製を行うキットによって得られた）RNAseqデータ間だと定量比較はできません。 発現量が同じでも5末端側の欠損具合によって見た目の発現量の数値が違ってくるからです。 分解のないmRNAであることを確認してからライブラリ作製を行うか断片化mRNAにも対応したキットを使う必要があります。

(無題) 削除/引用 No.9833-3 - 2021/08/04 (水) 17:57:27 - seventh ライブラリ作製時にpolyA精製があるキットだと、mRNA断片化が起こるほど、3’付近由来のリードが増えます。途中で分解切断が生じると5末端側は回収されないので。

(無題) 削除/引用 No.9833-2 - 2021/08/04 (水) 16:53:39 - ガンガン よくよく解析したら、転写解析部位ではなく、mRNAの末端側。polyAの前のゲノム領域でした。

RNA-seqで転写開始部位にピークがある。 削除/引用 No.9833-1 - 2021/08/04 (水) 13:47:28 - ガンガン 癌細胞のRNA-seqを行いました。 IGV viewerで確認すると、どの遺伝子に関しても、概ね、転写開始部位にBAM Coverageのピークがあるのですが、これは普通でしょうか？あるいはどこかに解析の間違いがありますでしょうか？

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