Bio Technical フォーラム

  • バイオ関連の実験をする上での、試薬、機器、プロトコールなどの情報交換の場です。
  • 新しいテーマで話を始める場合、質問をする場合は「新しいトピックを作る」から書き込みをしてください。
  • 質問に対して解答できる方は是非、書き込んで下さい。
  • このフォーラムにふさわしくないと管理人が判断した投稿は予告なく削除します。

新しいトピックを作る | トピック一覧 | 研究留学ネットに戻る

ひとつ前のフォーラム(readのみ)

このスレッドをはてなブックマークに追加このスレッドをはてなブックマークに追加

RNA-seqで転写開始部位にピークがある。 トピック削除
No.9833-TOPIC - 2021/08/04 (水) 13:47:28 - ガンガン
癌細胞のRNA-seqを行いました。
IGV viewerで確認すると、どの遺伝子に関しても、概ね、転写開始部位にBAM Coverageのピークがあるのですが、これは普通でしょうか?あるいはどこかに解析の間違いがありますでしょうか?
 
- このトピックにメッセージを投稿する -



5件 ( 1 〜 5 )  前 | 次  1/ 1. /1


(無題) 削除/引用
No.9833-5 - 2021/08/04 (水) 23:03:07 - ガンガン
FFPE由来のRNAです。ライブラリー作成以降は、外注に任せたので、ブラックボックス化していました。

RNA-seqは基本的には、mRNAを読むので、polyA selectionがかかっていそうですね。

そうなると3UTR周辺に極端なピークがあるのもうなずける。。。

(無題) 削除/引用
No.9833-4 - 2021/08/04 (水) 18:05:05 - seventh
大きく分解の程度が違う(かつployA精製を行うキットによって得られた)RNAseqデータ間だと定量比較はできません。
発現量が同じでも5末端側の欠損具合によって見た目の発現量の数値が違ってくるからです。
分解のないmRNAであることを確認してからライブラリ作製を行うか断片化mRNAにも対応したキットを使う必要があります。

(無題) 削除/引用
No.9833-3 - 2021/08/04 (水) 17:57:27 - seventh
ライブラリ作製時にpolyA精製があるキットだと、mRNA断片化が起こるほど、3’付近由来のリードが増えます。途中で分解切断が生じると5末端側は回収されないので。

(無題) 削除/引用
No.9833-2 - 2021/08/04 (水) 16:53:39 - ガンガン
よくよく解析したら、転写解析部位ではなく、mRNAの末端側。polyAの前のゲノム領域でした。

RNA-seqで転写開始部位にピークがある。 削除/引用
No.9833-1 - 2021/08/04 (水) 13:47:28 - ガンガン
癌細胞のRNA-seqを行いました。
IGV viewerで確認すると、どの遺伝子に関しても、概ね、転写開始部位にBAM Coverageのピークがあるのですが、これは普通でしょうか?あるいはどこかに解析の間違いがありますでしょうか?

5件 ( 1 〜 5 )  前 | 次  1/ 1. /1


パスワードを入力してチェックした記事を チェックした記事を

このトピックにメッセージを投稿する
名前 
メール   アドレス非公開
   タイトル 
本文      
設定  クッキーを保存(次回の入力の手間を省けます)
上に上げない(トピックの一覧で一番上に移動させません)
解決(問題が解決した際にチェックしてください)
暗証  半角英数字8-12文字の暗証番号を入れると、あとで削除、修正ができます。
送信 

〔使い方〕
  • 「アドレス非公開」をチェックすれば、自分のメールアドレスを公開しないで他の方からメールを受け取れます。
  • 問題が解決した際には、解決ボタンをチェックして解決した旨のコメントをつけてください。これは、初めにトピックを作った人と管理人のみが可能です。
  • 半角カタカナ、機種依存文字(全角ローマ数字、○の中の数字等)は文字化けの原因となりますので使わないでください。