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(無題) 削除/引用 No.9827-5 - 2021/08/01 (日) 14:48:30 - そば どのような条件のもとでIPするのかに寄るかもしれませんが、 例えば二つのタンパク質で細胞内の量比に大きく差があった場合は、多い方の抗体でIPしてしまうとその後に少ない方を検出するのが大変な気がします

(無題) 削除/引用 No.9827-4 - 2021/07/31 (土) 07:28:01 - おお >IP用の抗体がないタンパク質はポリクロを使う方がいいのでしょうか？ それは一概に言えません。抗体によっては作るときの抗原としてペプチドを使っている場合もありますし、リコンビナント（一部分の配列のときもあるし、全長だったりする）のときもあります。後者は確かに一部の配列が露出してなくとも、IPできる可能性があります。 >あるいは逆にポリクロが複合体を壊してしまうのでしょうか？ 場合によってはそれはあると思いますが、必ずしもそうでないでしょう。 IPしたときのその蛋白やパートナーの蛋白の沈降が非常に見にくいときはクロスリンクしてからIPする手もあります。クロスリンクできれば、共有結合のため多少乱暴な抽出（変性条件とか）してもIPできるし、隠れてたエピトープ（があったとして）も露出できる可能性があります。そちらの方の方法論も色々と取れると思いますから視野に入れておいて情報を集めてもいいのかもしれません。

(無題) 削除/引用 No.9827-3 - 2021/07/31 (土) 04:44:20 - jiji そうですか。 しかし、論文を見るとやはりメインのタンパク質に対する抗体でIPをして、WBは相互作用が予想されるパートナーで解析しているケースがかなり多い印象を受けます。 あくまで今回は、Flag等のタグを使っていないケースの話をしています。 おっしゃる通り、エピトープの露出に関しては、考慮しています。どう結合しているのかは全く不明ですので、両方向のIPをするとして、IP用の抗体がないタンパク質はポリクロを使う方がいいのでしょうか？ あるいは逆にポリクロが複合体を壊してしまうのでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.9827-2 - 2021/07/30 (金) 23:41:23 - おお >二つのタンパク質のうちどちらを先にIPしても問題ないのでしょうか？ 普通に考えると、解析しているメインのタンパク質に対する抗体で落としてくるべきですが、 なぜそうすべきと思っているのかよくわかりませんが、科学とあまり関係ないストーリー重視になってませんか？ たとえば片方の抗体はコンプレックスの形成がじゃまになって目的の蛋白にアクセスできないという事もあるだろうから、そういう場合はワークする方を選ぶことになるでしょう。どっちの抗体というより、共沈することが重要ではありませんか？

タンパク質とタンパク質の相互作用 削除/引用 No.9827-1 - 2021/07/30 (金) 21:13:22 - jiji タンパク質とタンパク質の相互作用をIPで見る予定です。 二つのタンパク質のうちどちらを先にIPしても問題ないのでしょうか？ 普通に考えると、解析しているメインのタンパク質に対する抗体で落としてくるべきですが、マイナーなタンパク質のため、IP用の抗体が存在しません。 一報でbinding partnerは有名なタンパク質のため、いい抗体が存在します。

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