共免疫沈降も免疫沈降（IP)の一つです、というか免疫沈降です。免疫沈降法を使って当該蛋白質と相互作用するパートナー蛋白質や当該蛋白質を含む蛋白質複合体を調べるような場合は、その目的を強調するためあえて共免疫沈降（coIP）と言ったりもしますが、単に免疫沈降でも通じます。
組織や細胞のライゼートから当該蛋白質を捕まえてくる（精製、濃縮）のが目的（狭い意味でのIP)であれば、抗体がIPに適用可能なものであれば、抗原抗体反応を邪魔しないようなLysis buffer組成ならばとりあえず目的は達成できると思いますが、共免疫沈降の場合は、これにプラスして、蛋白質複合体やパートナー蛋白質が当該蛋白質からの解離を出来るだけ抑えられるようにbuffer組成（界面活性剤の種類や濃度など）や反応条件の工夫が必要になることもあります。また比較的レアケースですが、実験過程で容易に解離してしまうようなとても不安定な相互作用のケースでは、細胞膜透過性分子間架橋剤を使うこともあります。
もちろん比較的しっかりした強い相互作用ならば一般的なIPで十分いけますが。
実験目的によってはそれにあった各種inhibitorも添加してください。IP, coIPとも使用する抗体の適否が実験の成否をほぼ決めますので、IPに適用可能なことがじゅぶんに保証されたものを使ってください。
IP精製物をウェスタンブロットして当該蛋白質とは別の抗体（翻訳後修飾体に対する抗体、相互作用を様相している蛋白質に対する抗体）で検出を試みるような場合は、Pull-down assayということもあります。
IPにしろcoIPにしろコントロールとしてnormal Igまたは組織蛋白質とは反応しないはずの抗体（低分子化合物に対する抗体など）を結合させたビーズを使い、それ以外は全て同一条件でIP実験をして当該蛋白質抗体でのIPとの比較で結果を慎重に評価することが不可欠です。IPによる１段階の精製は必ずしも高純度のものが得られるとは限りませんが（精製度の良否は、使用するビーズの種類にかなり大きく左右されます。）コントロール群との比較により非特異的なシグナルとの区別をすることができます。
normal Igも抗体は抗体なので組織・細胞ライゼート中にそれと反応する蛋白質がある場合もたまにあります。たとえばウサギでは大腸菌の蛋白質に対する抗体を持ってることが時々あり、相同性によっては高等動物の蛋白質ともそれなりに反応したりします。 |
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