Bio Technical フォーラム

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Mr. Bayes で遺伝子座ごとに系統推定をする トピック削除
No.9823-TOPIC - 2021/07/28 (水) 17:07:33 - ランチア
STACKsで出力することができるアウトプットファイルからMr. Bayesを用いて遺伝子座ごとにベイズ推定を行い、遺伝子座ごとの系統樹を作成したいのですが、ファイル形式の変換がうまくできません
Mr. Bayesnを使用する際のインプットファイルとして使用する.nexus形式にSTACKsのアウトプットファイルから変換するソフトウェアもしくはRのコマンドをご存じの方がいれば教えていただけるとさいわいです。
　
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(無題) 削除/引用
No.9823-2 - 2021/07/30 (金) 09:40:24 - 橘
Phylogears https://github.com/astanabe/Phylogears
をインストールし、FASTAかPHYLIP形式で出力して、ターミナルで以下のコマンドを実行。

pgconvseq --output=NEXUS inputfile outputfile

今回のようなケースでは、MrBayesよりRAxML-NGかIQTREEの利用をおすすめします。
遺伝子座ごとにちゃんと収束しているかチェックして、収束していなければ計算を続行、とか手動でやらないといけないので、100遺伝子座とかやってられないですよ。

Mr. Bayes で遺伝子座ごとに系統推定をする 削除/引用
No.9823-1 - 2021/07/28 (水) 17:07:33 - ランチア
STACKsで出力することができるアウトプットファイルからMr. Bayesを用いて遺伝子座ごとにベイズ推定を行い、遺伝子座ごとの系統樹を作成したいのですが、ファイル形式の変換がうまくできません
Mr. Bayesnを使用する際のインプットファイルとして使用する.nexus形式にSTACKsのアウトプットファイルから変換するソフトウェアもしくはRのコマンドをご存じの方がいれば教えていただけるとさいわいです。
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