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cDNAとORFについて トピック削除
No.9807-TOPIC - 2021/07/15 (木) 13:43:18 - やん
今、gatewayクローニングをしているのですが、以下の文の意味の違いがわかららないです。
(attB配列付加プライマーのデザイン方法)
1.DNA断片がORFでC末端にタグ配列をつけずに発現させることが目的ならば、終始コドンを付加し、その外側にattB2配列を付加する。
2.完全長cDNAのように、内側に終始コドンなどが含まれるものは、そのままattB2を付加するだけでよい。

cDNAとORFの違いがわかりません。どちらもタンパクをコードするエキソンだけからなると認識しているのですが、この二つの違いを教えて頂きたいです。
 
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No.9807-5 - 2021/07/15 (木) 14:27:03 - やん
皆様、わかりやすくご解説ありがとうございました。
基本的なことを理解しておらず恥ずかしい次第です。
ありがとうございます。

(無題) 削除/引用
No.9807-4 - 2021/07/15 (木) 14:20:40 - G25
>cDNAとORFの違いがわかりません。どちらもタンパクをコードするエキソンだけからなると認識しているのですが、

mRNA/cDNAのなかでORFといえば、コード配列(coding sequence, CDS)のことであり、翻訳される配列のことです。
それに加え、mRNA/cDNAには5'非翻訳領域(5' UTR)と3'非翻訳領域(3' UTR)があります。遺伝子の入門書にだって、図解されてるんじゃない?

(無題) 削除/引用
No.9807-3 - 2021/07/15 (木) 13:58:41 - seventh
開始コドン、終止コドンはmRNAやcDNAの端にあるわけでありません。CDSとUTRの関係についても調べた方が良いです。図の方が理解しやすいと思うので自分で検索してみてください。
アノテーションが正確でない場合(コード領域推定しか行っていないとか)ではデータベースにはUTR情報が載っていなくてCDS=exonになっている場合もあったりします。

(無題) 削除/引用
No.9807-2 - 2021/07/15 (木) 13:54:14 - AA
cDNAは"complementary DNA"の略です。
何に対して"complementary"(=相補的)かというと、逆転写された元のmRNAに対してということになります。
mRNAには非翻訳領域が存在するので完全長cDNAなどでは"内側に終始コドンなどが含まれる"ケースが存在します。

対してORFは"reading frame"ですので翻訳される領域のことを示しますからUTRなどは含まれません。

cDNAとORFについて 削除/引用
No.9807-1 - 2021/07/15 (木) 13:43:18 - やん
今、gatewayクローニングをしているのですが、以下の文の意味の違いがわかららないです。
(attB配列付加プライマーのデザイン方法)
1.DNA断片がORFでC末端にタグ配列をつけずに発現させることが目的ならば、終始コドンを付加し、その外側にattB2配列を付加する。
2.完全長cDNAのように、内側に終始コドンなどが含まれるものは、そのままattB2を付加するだけでよい。

cDNAとORFの違いがわかりません。どちらもタンパクをコードするエキソンだけからなると認識しているのですが、この二つの違いを教えて頂きたいです。

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