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訂正 削除/引用 No.9803-10 - 2021/07/24 (土) 04:07:31 - nak えっとすみません、変な投稿になってしまいました。 asanさまありがとうございます。 おおさまがおっしゃっている「データの結合」というのはasanさまが書いてくださっているようなもののことを指して申し上げています、という事が言いたいことでした。 2通ともおおさまの投稿かと勘違いして変なことを書いてしまいました。 お詫びして訂正いたします。

おおさま 削除/引用 No.9803-9 - 2021/07/24 (土) 04:05:11 - nak いつも有益なコメントありがとうございます。 その通り、CST云々というのは、「限界を知った上である程度の品質管理はしていますよ」というだけのことで、これをしたからと言って毎回同じ条件にはなってくれないという事は理解しているつもりです。 データの結合というのはまさに2つ目のコメントでおっしゃっているようなことを意図して申し上げています。 絶対定量に用いる場合は違う日のデータを混ぜて解析するのはまずいでしょうけど、細胞分画の比率など、相対定量の場合は混ぜても良いだろう、というのが私の考えです。もちろん、微妙な差しか取れない場合は、「微妙な結果」として別の手段を考慮するべきだという事もわきまえています。 基本的には細胞群が陽性と陰性でくっきり分かれないような場合にはFMOを置いて比較するようにしており、それであればある程度は「補正」出来ているのかなぁと思っていますが、この認識で正しいでしょうか。

(無題) 削除/引用 No.9803-8 - 2021/07/21 (水) 15:24:06 - asan BDなどのCSTビーズのことを指してるならばキャリブレーションではなくてあくまで感度を確認してるだけなのでレーザーのへたり方やノイズの出方など測定した日時が違えば当然異なる可能性はあると思います。 しかし、複数の日時に測定した個体サンプルのデータを混ぜてグラフにするのは個体レベルのサンプルではよくやられてると思うので必ずしもだめってわけではないと思います。絶対値の輝度の比較なんかは微妙じゃないか、というだけで、ポピュレーションの%をゲーティングして陽性細胞を割り出すなんかであれば陽性分画が明確に定義できてるなら絶対だめとまでは言わないと思います。

(無題) 削除/引用 No.9803-7 - 2021/07/21 (水) 03:08:52 - おお データーの結合って具体的に何をどうするのでしょうか。

お返事ありがとうございました。 削除/引用 No.9803-6 - 2021/07/21 (水) 01:06:16 - nak 皆様、コメントくださり、ありがとうございました。 スコッチさん 私の理解もまさにその通りで、ある程度のことをやれば、それ以上は微妙な違いはどうしても出るため多少実験結果にばらつきが出ることは仕方がないという認識で結合することになると思います。だから、非常に小さい差を比べるのには適さないと思います。 例のポスドクともあれから時間をかけて話しましたが、まさにご指摘のような変動があるため結合してはならない、と原理主義的に思い込んでいるだけのようでした。 seventhさん その点はわきまえているつもりで、各群の平均を比較するために使おうと思った次第です。上記のようにばらつきは仕方が無いので、各群の平均が明確に差がある場合にのみ意味のある結果として使うことが出来るという認識です。 ななしさん いや、純粋にフローサイトメトリーの問題として認識していたようです。 彼女は私よりフローサイトメトリーについてよく理解できていると思っていましたが、じっくりと時間をかけて話し合うと、どうやら、経験ははるかに多いものの何も考えずに前の上司の言うがままにただ手作業を行っていたのか、全く知識が無いことが判明しまして、FMOとは何ぞやとかCSTビーズは何のためにあるのかとかものすごく基本的なことからレクチャーしなくてはならない羽目に陥っています…。

(無題) 削除/引用 No.9803-5 - 2021/07/15 (木) 16:29:56 - ななし フローサイトメトリーの問題ではなくて、同腹子かどうか、疾病モデルの対象として同期間適切な処置をしているかどうかとか、そういう所を問題視したんじゃないでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.9803-4 - 2021/07/15 (木) 13:28:52 - seventh その場合biological replicateなので単純に混ぜて１つのデータとして扱うのは良くないと思います。平均をとるなどして単一の結果として出すのは可能だと思いますが。

(無題) 削除/引用 No.9803-3 - 2021/07/15 (木) 02:34:20 - スコッチ >[Re:1] nakさんは書きました : > ところが、最近ラボに来たポスドクが、「フローサイトメトリーのデータは日が違うものは絶対に結合してはならない」と主張します。 実験目的を理解していませんが、蛍光で見るので抗体量やブリーチがかかる加減とかが別日だと変わってくるのできちんとした発言量を比較できないということでしょうか。うまく言えませんが・・・・

(無題) 削除/引用 No.9803-2 - 2021/07/15 (木) 02:28:31 - スコッチ >[Re:1] nakさんは書きました : > ところが、最近ラボに来たポスドクが、「フローサイトメトリーのデータは日が違うものは絶対に結合してはならない」と主張します。 そりゃ同じ日にすべて流せば理想でしょうけど、実際無理ですよね。コントロールの発現と比較してターゲットの発現がA群ではこれくらいでしたがB群ではこれくらいに高かった（低かった）、でいいような気もしますけどね。

違う日に行われたフローサイトメトリーのデータの結合 削除/引用 No.9803-1 - 2021/07/14 (水) 19:01:35 - nak フローサイトメトリー初級者です。 以下の3点について質問させてください。 　１．異なる日に行われたフローサイトメトリーのデータは 　　　結合していいのか、ダメなのか 　２．良いならば結合するために注意しておくべきことは何か 　３．ダメならその理由は何か 以下、質問の背景をご説明させていただきます。 マウスの脾細胞を7色のパネルで染色し、各種リンパ球、ミエロイド系血球などの割合を見る実験を行っています。 ある薬を用いて炎症性疾患を誘導し、WTとKOとで比較して、KOされた遺伝子がその疾患に与える影響を評価しようとしています。 その際、疾患を誘導されたWTとKOのマウスを各群で出来るだけ同じ数、同じ日に処理してフローサイトメトリーを行って、比較を行いました。 それは良いのですが、その後、疾患が誘導されていない、健康なWTとの比較が欲しくなり、数か月前に別のプロジェクトで健康なWTマウスのデータをとっていたので、それを今回のデータと結合して一つのグラフに出来ないものかと思い立ちました。 フローサイトメトリーの行われた日は違いますが、同じ抗体、同じ実験者（私）、同じ実験プロトコール、同じ機種で行っており、CSTキャリブレーションも前回も今回も同じロットのビーズで毎回行ってパスしています（だからと言って完全に均一な結果が得られるとは思っていませんが、ある程度のことはしているという意味です）。 その状況下であれば、各細胞種の割合、例えばB細胞の全脾細胞に対する割合を比較したいと思ったとき、過去と現在のデータは結合可能だと思うのですが、いかがでしょうか？ 一方で、例えばB細胞上のCD86の発現強度をMFIで見たい、というような場合は単純には結合不可で、FMOコントロールとの比で出すなど一工夫して初めて結合できるというのが私の認識です。 ところが、最近ラボに来たポスドクが、「フローサイトメトリーのデータは日が違うものは絶対に結合してはならない」と主張します。彼女の方が明らかにフローサイトメトリーの経験が豊富なので何か理由があるのかと思うのですが、彼女の英語が非常につたないこともありディスカッションが思うに任せません。 というわけで、こちらで質問させていただくこととした次第です。 どうかご教授お願い致します。

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