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(無題) 削除/引用 No.9800-9 - 2021/07/30 (金) 12:56:19 - りる Benchlingがおすすめです。アライメント、波形確認もこれひとつでできます。Web上のソフトウェアなので、Macだけでなくたぶんスマホやタブレットからでも使えます。 クラウドで配列を保存しておけるので、どこからでもファイルを開けます。

(無題) 削除/引用 No.9800-8 - 2021/07/16 (金) 13:07:39 - ど素人 アラインメントに関しては fasta パッケージのコマンド群を使用しています。 現在の Mac OS は UNIX といえるものなので コマンドラインからの操作を重要視する人が選ぶ OS でもあります。 https://github.com/wrpearson/fasta36 波形データについてはものすごくシンプルですが、わりと以前からある 4Peaks などを利用しています。 https://nucleobytes.com/4peaks/

(無題) 削除/引用 No.9800-7 - 2021/07/15 (木) 23:51:42 - sp Staden packageをおすすめします。古めなアカデミックのソフトでとっつきにくいですが、無料で使えますし便利で常用しています。 パッケージの中に複数のアプリケーションが入っていますが使うのはpregap4とgap4の２つです。Ab1などの波形ファイルをinputとして、スコア付きのベースコールをした上でコンティグ作成してくれます。コンティグ作成後、波形と品質スコア付き配列をアラインメントした状態でサイドバイサイドで表示できます。スコアが低かったりコンフリクトがある部分はハイライトされ、そこだけ見ればよいので確認も楽です。 新し目のMacのOSではXquartzの追加インストールが必要です。

(無題) 削除/引用 No.9800-6 - 2021/07/15 (木) 17:17:37 - さんがー みなさま、ありがとうございます。 Snapgene Viewerは使用しておりました。アライメントはApEは存じ上げませんでした。ApEおよびClustal等で試みてみます。ありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.9800-5 - 2021/07/14 (水) 14:24:02 - G25 SnapGene viewerは私も使っていますが、contigの連結や参照配列とのアライメントなど充実した機能は有料版でしか使えないのが残念。 一応、メニューにはあるんだけど、立ち上げようとすると「有償版のみの機能です」というメッセージを恨めしげに見つめるだけ。

(無題) 削除/引用 No.9800-4 - 2021/07/14 (水) 12:08:41 - AA snapgeneは機能制限版のveiwerが無料で使えて便利です。 制限版といっても通常はこれで十分ですのでまずは試されても良いのではと思います。 製品版のほうもそこまでは高くないですし、今どきのサブスク型式だけではなく買い切りのライセンス型式も残していて、買い切り価格も1200ドルなので比較的良心的なのかなと思います。 demoにもMac版があるので試されても良いかもしれません

(無題) 削除/引用 No.9800-3 - 2021/07/14 (水) 11:58:30 - mp アラインメントはApE、波形確認はSnapgene viewerを使用しています。どちらもフリーです。

(無題) 削除/引用 No.9800-2 - 2021/07/14 (水) 11:07:27 - G25 contig化するのは適当なシークエンスエディターを使って人力（contig ソフトウェアを使用しない）。 contigとリファレンス配列との突き合わせは、Clastal, MUSCLEなど定番のアライメントソフトで間に合う。ユーザーインターフェイスとしてCLC sequence viewer (Freeware)を利用しています。 https://clc-sequence-viewer.software.informer.com/8.0/ 配列に齟齬があった場合は、別途、波形データをみながら確認。 Genetyxなど商用ソフトだと、シークエンスアライメントに並べて波形を呼び出せたりして便利なのがありますが、お高いので。

Mac用サンガーシーケンス結果のアライメント 削除/引用 No.9800-1 - 2021/07/14 (水) 09:32:04 - さんがー 発現ベクター構築に当たり、インサートがベクターに正確にクローニングされておりつなぎ目も「崩れ」たりしていないかを、サンガーシーケンスによって確認しようとしています。GOIとGFPの融合タンパク質を発現するベクターを、プロモーター-ゲートウェイ-GFPの発現ベクターから作成する実験です。 皆さまはサンガーシーケンシング後にプラスミドが思ったとおりにできたかどうかを確認するために、どのようなソフト等を使用されていますか。Mac用で教えていただければと思います。 長いことこの手の実験をしておらず、最近これを再立ち上げし直そうとしていたところですが、かつて使っていたGenetyxは新しいMacのOS等にコンパチブルでありません。Genetyxを新調しても良いのですが、皆さまはMacにおいてこの目的で何をご使用かお尋ねしたいと思っております。

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