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(無題) 削除/引用 No.9798-2 - 2021/07/15 (木) 18:21:31 - BlueComma Cufflinks系は使ったことが無いので確証はありませんが，「genes.read_group_tracking」という出力ファイルにFPKM値があるのでは無いでしょうか？ cf. http://cole-trapnell-lab.github.io/cufflinks/cuffdiff/#cuffdiff-options ##Cuffdiff output Files FPKM tracking files Cuffdiff calculates the FPKM of each transcript, primary transcript, and gene in each sample. Primary transcript and gene FPKMs are computed by summing the FPKMs of transcripts in each primary transcript group or gene group. The results are output in FPKM tracking files in the format described here.

Cuffdiffでの解析後、サンプルごとの発現量を見たい 削除/引用 No.9798-1 - 2021/07/13 (火) 09:32:44 - TA いつもお世話になっております。 RNA-seqでのTophat→Cuffdiffで発現変動の比較についてです。 A群(n=2)とB群(n=2)の発現量を計算する際に Cuffdiffが出力したデータは群ごと（A群とB群）の数値が記載されています。 各サンプルごと（つまり4サンプル個々に）の発現量を知りたいのですが、それらをCuffdiffの出力データからそれらを見るのは可能でしょうか。 お詳しい方がいらっしゃいましたら、お教えいただけますと幸いです。

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