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(無題) 削除/引用 No.9788-5 - 2021/07/10 (土) 11:01:46 - しん 皆さんありがとうございます！ RNaseの影響が個人的に一番気になっていたのですが、そこまで気にしてなくて良さそうですね。もちろんある程度気にして行いますが。

(無題) 削除/引用 No.9788-4 - 2021/07/07 (水) 16:53:43 - G25 RNAは一本鎖であるため自己相補対をつくって二次構造を取るため、 変性ゲル電気泳動しないと、鎖長を反映し再現性のある分画はできません。 本格的にやるなら、HCHO変性ゲル/MOPSバッファー系などでやるべき。 やり方は、普通の実験書に載っているでしょう。 あるいは、私が簡易的な目的（例えばrRNAのバンドをみてintegrityを確認するため）でやるのは、HCHO変性ゲル電気泳動用のサンプルバッファー（HCHO、formamideを含む）+EtBrで常法に従い熱変性したRNAサンプルを普通のDNA用のTAE/アガロース系で電気泳動するというものです。rRNAを見る限り結構シャープにバンディングしますし、サイズと移動度の関係もリーズナブルです。EtBrをHCHO変性ゲル電気泳動用のサンプルバッファーに入れて熱変性すると、インターカレーションではなくおそらく共有結合的にRNAに結合するので、通常染まりにくい 一本鎖RNAもよく染まります（たしかAPGC法で有名なChomczynskiの発案）。 RNaseをわざとべっとり塗りつけるような濃厚汚染でもしていない限りRNsaseについてはさほど気にすることはありません。普通の実験器具並みの綺麗さで洗浄した器具、普通の清潔さで調製したゲルやバッファーで十分。泳動のような場面でRNaseがそうそう悪さなんかできません。 都市伝説的な伝承に脅かされて、非合理的なレベルのRNase-phobiaも世にたくさんいますが、まあもちつけと言いたい。

(無題) 削除/引用 No.9788-3 - 2021/07/07 (水) 14:47:10 - おお 電気泳動はできますが、長さにと移動度に相関性がなくなります。高次構造のせいです。比較的安定な高次構造が複数あれば一つのRNAでもバンドが複数になることもあります。 ノーザンブロットで使うようなRNAローディングバッファーでしっかりRNAを変性（高次構造をといて）通常のDNAでつかわれるTBEで流すと、短時間なら高次構造の影響を最小限ですみそういう泳動はやることはあります。

(無題) 削除/引用 No.9788-2 - 2021/07/07 (水) 12:03:39 - AA 泳動して何をしたいかではないでしょうか？ おおまかに見るだけならDNAと同じ条件/バッファーでも良いでしょうし、 転写してノザンするとか、大きさを見てゲル切り出して精製するなどであれば 変性ゲル(尿素入りやホルムアルデヒド入りなど)にし、バッファーもMOPSなどにする必要があるでしょう。

RNA実験 削除/引用 No.9788-1 - 2021/07/07 (水) 11:38:03 - しん RNAを使う実験についてです。 RNAでアガロース電気泳動をしますが、通常のＤＮＡと同じ条件ではだめですか？RNase活性には気をつけて行う以外に何か注意点とかありますでしょうか。 例えば使用バッファーは関東化学の10xTBEを使います。バッファーももう少しいいグレードを使った方がよいとかありますか？

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