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(無題) 削除/引用 No.9787-5 - 2021/07/09 (金) 20:00:32 - しん >まあDisadvantageを書いただけですから、できないと否定まではしていません。ゲルの濃度も１％ぐらいで行けるかもしれませんし、３％ぐらいだとまあアクリルアミドの低濃度のものに近いでしょうし。 とにかくやってみるのもありかもしれません。 アクリルアミドの方がうまくいきそうなことは理解しました。ただ予算のこともあってまずはアガロースで検討してみようかと思います。 ありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.9787-4 - 2021/07/09 (金) 01:44:20 - おお まあDisadvantageを書いただけですから、できないと否定まではしていません。ゲルの濃度も１％ぐらいで行けるかもしれませんし、３％ぐらいだとまあアクリルアミドの低濃度のものに近いでしょうし。 とにかくやってみるのもありかもしれません。 ＞理論的には抗His抗体 いいんじゃないかなと思います。

(無題) 削除/引用 No.9787-3 - 2021/07/08 (木) 23:22:04 - あ おお様 ありがとうございます。 ゲルがスカスカなんですね、、。3％程度くらいまであげてもやはりポリアクリルアミドよりも構造的には空いているんですかね、、。アガロースで行っている論文もいくつかありますが、条件検討等必要そうですね。 ちなみにスーパーシフトですが、例えばHisタグなどを融合しているタンパクの場合、理論的には抗His抗体で行ってもよさそうな気がしますが、いかがでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.9787-2 - 2021/07/07 (水) 14:39:38 - おお １． 可能ですがゲルがスカスカなので蛋白の移動度が分子サイズにあまり依存しなくなってくる。極端な話、プローブと蛋白の移動度が一緒なら結合しててもシフトしない。やったことがないのでわかりませんが、検出感度がどの程度変わるかわからない。蛋白に対してゲルがすかすかなので、拡散もしやすい（DNAの電気泳動でDyeが拡散してバンドにならないような感じ）。 ２． SDSが入っていたら台無しです。一度ちゃんとしたプロトコールを読んでください。基本的にはグリセロールとDyeがサンプルに添加できればいいです。 ３． 昔はRIでラベルしたDNA（場合によってはRNA）を検出してました。その系では蛋白は見ないです。代わりに蛋白の抗体をつかって、シフトしたバンドが消えるか、更に高い位置にシフトするかをみて、Interactionに関して裏をとっていました。 DNAの泳動度の違いだけ見たいといってもそのDNAの検出系によってTransferするかどうか決まるのでは？

ゲルシフトアッセイにて 削除/引用 No.9787-1 - 2021/07/07 (水) 11:35:09 - あ ゲルシフトアッセイを予定しています。 １．一般的には非変性ポリアクリルアミドゲルのようですが、アガロースでも可能と記載がありました。100bp前後であればアガロースでも問題ないでしょうか？ ２．非変性で行う必要がありますが、ローディングバッファ―などはSDSを含まないものを選択するだけでよろしいでしょうか？ ３．ポリアクリルアミドゲルで行う場合、ブロッティングしているものが多い印象ですが、していないプロトコールもありました。DNAの泳動度の違いだけ見たいからブロッティング不要でも特に問題ないでしょうか？ ご教示のほどよろしくお願い致します。

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