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接着細胞のタンパク回収方法 トピック削除
No.9772-TOPIC - 2021/06/27 (日) 10:54:32 - tttt
接着細胞のウエスタン用タンパクの回収方法ですが、

Wellまたはdishに直接RIPA バッファーをかけて、
スクレーパーで回収するのか、

またはトリプシンで細胞をペレットにしていRIPAバッファーに
溶かすのか

どちらが一般的で、おすすめですか?

また、浮遊した死細胞も一緒に回収することはありますか?
 
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method書きます 削除/引用
No.9772-6 - 2021/06/30 (水) 21:16:45 - PO
1 培地を吸引除去。出来るだけ完全に除去。

2. 細胞単層をPBS(>2ml)で2回洗う。液量少ないとFCSが残存してサンプルに混じるので注意。

3. SDS sample buffer (w/o 還元剤, BPB) 目安:0.5ml / 3cm dish 添加してDish前面に手早く行き渡らせる。 液量多すぎると蛋白質濃度低すぎで使えなくなるので注意。ここで失敗する人多い(手間のかかる実験や重要な実験ならばあらかじめ予備実験して適切な液量を把握しておく方が良い)。SDSが入ってるのでプロテアーゼやホスファターゼの心配はあまりしなくてようと思うけど、たくさんの中には活性が残存するのもあるらしので気になるならばインヒビたーを入れておく。

4.スクレイバーでライゼートを静かにDishの端の方に集める。

5. ライゼートを1.5ml チューブに移す。ピペットでとるとき粘性あるのでゆっくり吸う。

6. チップ式超音波装置で低い出力(仮に10段階としたら2くらい)で数秒づつ3~4回処理。粘性がなくなればOK. そんな機器ないという人は、一番細いゲージのシリンジでゆっくり数回出し入れする。泡立ったら卓上遠心を30秒くらいすれば泡消えるか減る。

7. 一部を分取して水で1/10希釈してBCA法で蛋白質濃度定量。 SDS含有サンプルゆえブラッドフォールド法は使えないので注意。
(当日に泳動しないならば、この段階で−80℃保存可能。)

8. 還元剤とBPB入れて加熱処理。

9.電気泳動へ

*SDS bufferは細胞内蛋白質のほとんどを可溶化するので、もともと存在量の非常に少ない蛋白質の場合、サンプル中の他の蛋白質との相対的な量比の関係で検出が困難になることがたまにある。そのような場合は異なるlysis buffer(界面活性剤なし→TritonX100 buffer →SDS buffer)で細胞を段階的に可溶化するなどして分画して調べるなどの工夫してみると良い。

(無題) 削除/引用
No.9772-5 - 2021/06/28 (月) 21:05:12 - くろ
培地吸引後に冷やした1xPBS(-)でwashしたのち、(液体窒素で凍結あるいはそのまま)、RIPA bufferを加えてcell scraperでこそいだ細胞混濁液をしっかりとvoltexで溶解させるというのがいいと思います。

短時間で変化する細胞内シグナルを見たい場合は特にいったん冷やしてシグナルをストップさせることが重要です。

あまり短時間で変化がないタンパクについてはそこまで厳密な操作は必要ないかもしれませんが、手技の安定性という意味でわたしは上記を毎回しています。

(無題) 削除/引用
No.9772-4 - 2021/06/27 (日) 16:14:24 - おお
>回収できるタンパクの量が少ない時や、

いやいや、だからといって状態、性質の違うもので底上げしていいわけないでしょう。最初から全部回収することで統一して(デザインをくんで)やっているならともかく。

>アポトーシス関連タンパクを見たいときは
それも状況次第ではないでしょうか?アポトーシスといってもその過程に重きを置くデーターがよく見られます。ミイラになってから肉を観察しようとしているとも言えるのでは。場合によってはミイラの状態を観察したいというのはあるでしょうけど。

(無題) 削除/引用
No.9772-3 - 2021/06/27 (日) 15:47:54 - tttt
>PBSを使いスクレーパーでかきながら懸濁液を作り遠心で回収する

この方法でやってみます
というのも、いつも高いタンパク濃度で回収したいので、
Wellに少量のRIPAでスクレーパーを掻く操作するといつも泡だらけになってるので、 多めのPBSをつかえば回収率もよさそうです。

>>また、浮遊した死細胞も一緒に回収することはありますか?
目的次第ではないでしょうか?

回収できるタンパクの量が少ない時や、
アポトーシス関連タンパクを見たいときは死細胞も回収すること
と、私の施設の先人の伝言がありました
ただ、死細胞内のタンパクも調べて果たして意味があるのか?とは思っていました

(無題) 削除/引用
No.9772-2 - 2021/06/27 (日) 13:39:31 - おお
>Wellまたはdishに直接RIPA バッファーをかけて、

これがいいかなと思います。

細胞破砕で制約等があるときはPBSを使いスクレーパーでかきながら懸濁液を作り遠心で回収するようにしてます。

トリプシンを使うと場合によって細胞内のものでも消化されてしまったのか、検出できなかった事があります。トリプシン消化というストレス(刺激)を加えることになりますし。

>また、浮遊した死細胞も一緒に回収することはありますか?
目的次第ではないでしょうか?

接着細胞のタンパク回収方法 削除/引用
No.9772-1 - 2021/06/27 (日) 10:54:32 - tttt
接着細胞のウエスタン用タンパクの回収方法ですが、

Wellまたはdishに直接RIPA バッファーをかけて、
スクレーパーで回収するのか、

またはトリプシンで細胞をペレットにしていRIPAバッファーに
溶かすのか

どちらが一般的で、おすすめですか?

また、浮遊した死細胞も一緒に回収することはありますか?

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