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スプライシング部位の調べ方 削除/引用 No.9770-8 - 2021/07/12 (月) 18:22:16 - ふぁーじ

(無題) 削除/引用 No.9770-7 - 2021/06/29 (火) 01:05:40 - おお https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/7157 NCBIでもGene structureがみれるようになっている。薄い緑はアミノ酸がコードされてない部分だとおもう。

(無題) 削除/引用 No.9770-5 - 2021/06/28 (月) 11:10:39 - Y Exon structureの図を見ていただくと、どのexonがsplicingで飛ばされる可能性があるかわかります。絶対的な指標ではないですが、対象とするexonを選ぶ上では助けになるのではないかと思います。

スプライシング部位の調べ方 削除/引用 No.9770-4 - 2021/06/28 (月) 10:54:27 - ふぁーじ みなさまお返事ありがとうございます。 http://lgsun.grc.nia.nih.gov/geneindex/index.htmlのサイトをみてみたのですが、このサイトではエキソンの部位は分かっても、そのエキソンがタンパク質として機能する上で必要かどうかは分からないのでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.9770-3 - 2021/06/26 (土) 08:12:44 - Y このサイトがすごく便利です。 遺伝子名で検索をしてもらって、その後に出てくるExon structureという部分をクリックすると配列まで出てきます。 http://lgsun.grc.nia.nih.gov/geneindex/index.html

(無題) 削除/引用 No.9770-2 - 2021/06/25 (金) 16:14:30 - おお http://useast.ensembl.org/Homo_sapiens/Gene/Summary?db=core;g=ENSG00000106692;r=9:105558122-105653820 こんなやつとか？ 蛋白をコードしてないやつとか、全長じゃないやつとか、NMDを受けるやつとか、根拠が薄いものとか色々あるから、一つ一つ確認が必要だけど。 あるいは https://www.uniprot.org/uniprot/O75072#sequences こういうデータベース

スプライシング部位の調べ方 削除/引用 No.9770-1 - 2021/06/25 (金) 14:54:21 - ふぁーじ 今、ある遺伝子をCRISPRでKOしようとしており、し終わった後の確認法としてWBをする予定を立てています。 その際用いるgRNAの設計をしているのですが、あるターゲットが10個あるエキソンの3つ目にあることがわかりました。 ここで本題なのですが、スプライシングでこの3つ目のエキソンがなくても機能するタンパク質かもしれない、ということで、スプライシングアイソフォームにどのようなものがあるか調べたいと思っています。 ですが調べ方がわからず、困っております。 もしご存じの方がおられましたら、ご教示いただけますでしょうか。

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