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(無題) 削除/引用 No.9727-4 - 2021/06/05 (土) 18:19:08 - あなご じゃあそれこそPacBioのHifiリードで1 read 1readを丁寧に読むのがいいんじゃないですか？

(無題) 削除/引用 No.9727-3 - 2021/06/05 (土) 12:45:44 - いいだ 質問の仕方が悪かったです。人ゲノムDNAプールの中に存在している非常にレア変異を同定したいと考えています。私の実験のメソッド上、NGSを利用する他ないのですが、depthを深く読めばerrorが無視できるほど小さくなって変異が見えてくるという原理ではなくて、1 read 1readを正確に読みたいと考えています。 NGSでも新しい半導体システムを利用した、genapsysという方法はエラー率が低いという話を聞いているのですが、非常にレアな変異の混入を調べるには、どういう方法が考えられるのでしょうか？ターゲットのゲノム中の全ての遺伝子ですのでNGSベース一択の状態です。 例えば、0.1%程度の変異でも同定したいと考えています。hotspotなら見えてくる可能性はありますが、それ以外も含めてだと技術的に困難でしょうか？

(無題) 削除/引用 No.9727-2 - 2021/06/05 (土) 12:37:53 - べーたテン データ量やコストを一切考えなければIlluminaならMiSeq，ロングリードならPacBioのHifiリードじゃないでしょうか．

今現在最もシークエンス精度の高いNGSはどのシステムですか？ 削除/引用 No.9727-1 - 2021/06/05 (土) 10:12:23 - いいだ NGSはcoverageで精度の悪さをカバーしていると思いますが、今現在最もシークエンス精度の高いNGSはどのシステムかご存じのかたいらっしゃいますでしょうか？

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