Bio Technical フォーラム

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RNA polUno トピック削除
No.9719-TOPIC - 2021/06/01 (火) 15:39:49 - たん
少し行き詰っているので質問させて頂きます.


現在,DNA結合タンパク質に活性化ドメインをつなげて
ある遺伝子のプロモーター活性化能を調べようと考えています.

そこで,どの活性化ドメインを使えばいいか選別したいので
活性化ドメインを調べているのですが膨大にあって難航しています.

もし,活性化ドメインのデーターベースやまとめサイトなどがあれば役立てたいのですが,そのようなサイトをご存じの方がいらっしゃればご教授いただきたいです.
 
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(無題) 削除/引用
No.9719-5 - 2021/06/08 (火) 09:31:39 - TDF
強力な活性化ドメインとしてはVPRはいかがでしょうか。

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25730490/

(無題) 削除/引用
No.9719-4 - 2021/06/08 (火) 01:15:42 - おお
その実験の是非はわかりませんけど、TF活性化ドメインはPol IIと相互作用する部分だったと思います。ただはっきり覚えてないけど、Pol II内の結合する部分はTFで異なっているものがあったような気がします。そういう視点で探してみてはどうでしょうか。

あとはタイプ別で整理してみてもいいかもしれません。核内リセプタータイプとかbHLHとか、ただStatなどリン酸化制御が知られているのは除いたほうがいいかと。

(無題) 削除/引用
No.9719-3 - 2021/06/06 (日) 13:01:21 - たん

おお様

ご助言ありがとうございます。
すみません、少し情報を省きすぎてしまったようです…。

すでにVP16を用いて発現を活性化させており、何が原因か断定できてないんですが、発現レベルが思ったより上がらなくて困っております。
(DNA結合ドメインの結合配列を3つに増やしてみましたが、いまいちでした)

VP16とは違うアプローチで転写因子を引き寄せるような活性化ドメインがあれば、相乗効果で活性化能が飛躍的に上がるんじゃないかと助言を受け、VP16とは異なる機構で転写を活性化できる活性化ドメインを探している次第です…。

(無題) 削除/引用
No.9719-2 - 2021/06/05 (土) 02:23:19 - おお
>DNA結合タンパク質に活性化ドメインをつなげて
VP16とかそう言うのでまあまあ使われると思うけど、データーベースまで使わないといけないような話なら、的確なアドバイスかどうか、、、

RNA polUno 削除/引用
No.9719-1 - 2021/06/01 (火) 15:39:49 - たん
少し行き詰っているので質問させて頂きます.


現在,DNA結合タンパク質に活性化ドメインをつなげて
ある遺伝子のプロモーター活性化能を調べようと考えています.

そこで,どの活性化ドメインを使えばいいか選別したいので
活性化ドメインを調べているのですが膨大にあって難航しています.

もし,活性化ドメインのデーターベースやまとめサイトなどがあれば役立てたいのですが,そのようなサイトをご存じの方がいらっしゃればご教授いただきたいです.

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