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細胞からのRNA抽出 トピック削除
No.9714-TOPIC - 2021/05/29 (土) 07:49:44 - ぼびっち
12well plateに4,000K cells/wellで撒いた細胞からtrizolを使ってRNAを抽出しているのですが、以下の通り上手くいきません。(ちなみに6wellでcell craperを使用するとうまくいきます。)
107.2ug/ul
A260/A280 2.44
A260/A230 0.18となります。

原因についてご教授いただけないでしょうか?
手順は以下の通りです。

1) アスピレート
2) PBS (4C)
3) アスピレート
4) Trizol 200ul/well (4C)
5) 200ulチップでこすり取る
6) 何度かWell上でピペッティング
7) 通常のRNA抽出作業
 
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(無題) 削除/引用
No.9714-15 - 2021/06/01 (火) 16:28:59 - a
ピペッティングはしっかりやっていますか?
溶液がさらさらになるくらいピペッティングしてから回収してみてください。

(無題) 削除/引用
No.9714-14 - 2021/05/31 (月) 19:31:42 - あの
ちなみに、何の細胞か開示出来ますか?

上皮系の初代細胞培養とかだとあり得るかも知れないけど、
細胞だとしたら、今まで遭遇したことのない話なので。

グリコーゲンとかかな?

(無題) 削除/引用
No.9714-13 - 2021/05/31 (月) 05:15:23 - ぼびっち
イソプロ沈の前にクロロフォルム抽出を挟むと、残存フェノールが除けるので、スコアがよくなります。

やっているのですが、結果から推察するに、
抽出済みのRNAに、クロロフォルム処理を含めたTrizol処理を再実行するのがよさそうに感じました。

(無題) 削除/引用
No.9714-12 - 2021/05/30 (日) 13:54:23 - あの
それから、どうせマトモにRNAが取れるときには、
使いきれないぐらい取れるんだから、遠心後の
上澄は、半分も取れば十分と割り切る。


なまじ全部とろうとすると、下層を吸ってしまう。

(無題) 削除/引用
No.9714-11 - 2021/05/30 (日) 10:54:56 - が
イソプロ沈の前にクロロフォルム抽出を挟むと、残存フェノールが除けるので、スコアがよくなります。

(無題) 削除/引用
No.9714-10 - 2021/05/30 (日) 08:40:20 - elehayym
もうNucleoSpin® RNA Plus
とかのキットつかっちゃいましょう

(無題) 削除/引用
No.9714-9 - 2021/05/30 (日) 08:25:28 - あの
余計なものを、除去しなおすということだよ

(無題) 削除/引用
No.9714-8 - 2021/05/30 (日) 06:25:41 - ぼびっち
6wellと12wellはもちろん同じ会社ですよ

なるほど、1.5mlでは大きすぎるというのは考えたこともありませんでした。

エタ沈したあとに、Trizoli入れて、もう一周すると改善することもあるのですね?
意図が理解できないものをするのは得意ではないのですが、どういう原理と推定しておりますか?

(無題) 削除/引用
No.9714-7 - 2021/05/30 (日) 06:19:37 - あの
追伸

もう一つ、念のため。

マイクロチューブは、200ulのTrizolなら、1.5mlだと大きすぎて、水層とるの難しい

(無題) 削除/引用
No.9714-6 - 2021/05/30 (日) 06:16:12 - あの
追伸。

細胞からの場合にはしたことないけど、
(組織からの抽出でcDNA 合成などがうまくいかない場合には)
エタ沈したあとに、Trizoli入れて、もう一周すると改善することもある。

念のため聞くけど、その6ウェルプレートと、12ウェルプレートは、
同一ブランドの同一グレードですか?

まさかコーティングが違うなんてこと無いですね?

(無題) 削除/引用
No.9714-5 - 2021/05/30 (日) 06:08:25 - あの
12ウェルなら、おおさんのいううとおり、500ul以上が良いです。

あとは、培養液とったらすぐに、Trizolいれる。
5分以上は置いておく。
200ulチップではなく、1000ulチップで、タテ、タテ、ヨコ、ヨコ、マル、マル、渦巻のようま感じでひっかく。
低級着グレードのマイクロチューブ使う。
エタちんの前に、共沈するもの添加。

以上で改善するかも、知れない。

それから、もし改善しなくても、さきにすすむ、

(無題) 削除/引用
No.9714-4 - 2021/05/30 (日) 05:56:01 - ぼびっち
追伸

エタ沈後、乾いたペレットが塩のようにザラっとしています。

(無題) 削除/引用
No.9714-3 - 2021/05/30 (日) 05:54:13 - ぼびっち
おはようございます。

丁寧にエタ沈後、再度検討しましたが、結果は変わらずでした。
早起きしたのですが、がっくりです。

なお、Nano drop oneという機器を使用していますが、Guanidineの混入は検出されており、Correctというボタンを押すと理想的なrnaのピークが現れます。

どうしたら良いものでしょうか?

(無題) 削除/引用
No.9714-2 - 2021/05/29 (土) 10:00:57 - おお
>A260/A280 2.44
>A260/A230 0.18となります。

もう一度エタ沈して見てください。

>4) Trizol 200ul/well (4C)

この容量だと扱いにくく中間層を吸ってしまったりとかありそうなので500ul以上使ったほうがいいと思う。またRNAzolのほうがDNA、蛋白が沈殿してしまうので扱いやすいかもしれない。

細胞からのRNA抽出 削除/引用
No.9714-1 - 2021/05/29 (土) 07:49:44 - ぼびっち
12well plateに4,000K cells/wellで撒いた細胞からtrizolを使ってRNAを抽出しているのですが、以下の通り上手くいきません。(ちなみに6wellでcell craperを使用するとうまくいきます。)
107.2ug/ul
A260/A280 2.44
A260/A230 0.18となります。

原因についてご教授いただけないでしょうか?
手順は以下の通りです。

1) アスピレート
2) PBS (4C)
3) アスピレート
4) Trizol 200ul/well (4C)
5) 200ulチップでこすり取る
6) 何度かWell上でピペッティング
7) 通常のRNA抽出作業

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