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CAGベクターへのクローニング-(In-fusion) トピック削除
No.9702-TOPIC - 2021/05/25 (火) 20:42:37 - 分子生物学初心者です
分子生物学の実験を始めたばかりの学部生です。
実験で、CAGベクターに目的の遺伝子(ATGから終始コドンまで)のクローニングをおこなっています。
今まで、制限酵素で切断した後にライゲーションをしていたのですが、
今回は使える制限酵素がなく、In-fusionで入れることになりました。

すいません初心者の質問です。
ベクターをBamHIで切断して(インサートの中・目的遺伝子内にもBamHIがあります)
インサートはPCRで増やしてIn-fusionしたところ、BamHIの最後のコドンが欠けていまいした。

In-fusionの説明書をよく読むと、やはり 制限酵素サイトの最後のコドンが欠けると書いていたのですが、その場合はどうしたら欠けないようになりますか?
CAGベクターの場合はコドンが一つかけてもいいのですか?

すみませんが、アドバイスいただけますと幸いです。
 
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No.9702-7 - 2021/05/26 (水) 19:49:41 - みなまで言えば
翻訳されるのは開始コドンから終止コドンまでなので、終止コドン以降の塩基の欠損でフレームシフトは起こらない。

(無題) 削除/引用
No.9702-6 - 2021/05/26 (水) 13:55:19 - ii
説明のとおりだとコザック配列入って無くないですか?

(無題) 削除/引用
No.9702-5 - 2021/05/26 (水) 13:18:01 - 分子生物学初心者です
>無名様

その通りでございます。目的遺伝子のATGの前の制限酵素領域で1塩基と目的遺伝子の後のストップコドンの後ろの制限酵素領域での1塩基が欠けています。

(無題) 削除/引用
No.9702-4 - 2021/05/26 (水) 11:27:00 - 無名
ストップコドンの後のマルチクローニングサイト、非翻訳領域部分ですよね?

(無題) 削除/引用
No.9702-3 - 2021/05/26 (水) 11:03:47 - 分子生物学初心者です
無名さま、ありがとうございます。

稚拙な質問で恐縮なのですが、元のCAGベクターより3’UTRが 1塩基欠けてしまった場合、フレームシフトとか起こらないですか?

ちゃんと研究室でみんなに共有して使って良いものかどうか、わからず心配しておりました。

・Infusion 設計ツール確認しました!ありがとうございます。

(無題) 削除/引用
No.9702-2 - 2021/05/26 (水) 09:33:43 - 無名
タカラバイオのin fusion 設計ツールに「制限酵素サイトを残す」という設定があります。

それで制限酵素サイトを残せば良いです。

なお、今回の場合ですが、翻訳してみて問題なければそのまま発現させてみればよいと思います。

3' UTRが数塩基掛けただけなら発現はするでしょう。

CAGベクターへのクローニング-(In-fusion) 削除/引用
No.9702-1 - 2021/05/25 (火) 20:42:37 - 分子生物学初心者です
分子生物学の実験を始めたばかりの学部生です。
実験で、CAGベクターに目的の遺伝子(ATGから終始コドンまで)のクローニングをおこなっています。
今まで、制限酵素で切断した後にライゲーションをしていたのですが、
今回は使える制限酵素がなく、In-fusionで入れることになりました。

すいません初心者の質問です。
ベクターをBamHIで切断して(インサートの中・目的遺伝子内にもBamHIがあります)
インサートはPCRで増やしてIn-fusionしたところ、BamHIの最後のコドンが欠けていまいした。

In-fusionの説明書をよく読むと、やはり 制限酵素サイトの最後のコドンが欠けると書いていたのですが、その場合はどうしたら欠けないようになりますか?
CAGベクターの場合はコドンが一つかけてもいいのですか?

すみませんが、アドバイスいただけますと幸いです。

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