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相同組換え修復で会合する複合体の大きさは? トピック削除
No.965-TOPIC - 2012/09/27 (木) 11:17:46 - いろは
いつも参考にしています。
急遽調べなくてはならないのですが,周辺の文献をあさってもなかなかみつからないので,質問させてください。

相同組換え修復で集まるタンパク質群の複合体は,何塩基くらいのスペースが必要なのでしょうか?
具体的に100bpくらいとか,そしてそれを示す論文などを紹介して頂けると幸いです。
 
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No.965-7 - 2012/10/06 (土) 10:44:16 - いろは
おおさんありがとうございます。
ですよね。それを自ら考えて,それに基づいた研究プランをたて,実験して明らかにしていくことが研究の醍醐味ですよね。

(無題) 削除/引用
No.965-6 - 2012/10/03 (水) 02:42:29 - おお
>[Re:5] いろはさんは書きました :
> おおさんありがとうございます。
> 確かにおっしゃるとおりです。
> 相同組換えに関する教科書や論文を読んでいてもグラフィカルなマンガが多くて,なかなか具体的なmachineryの大きさや必要なDNAの長さが記述されている書物を見つけることができません。
>
> やはりそのへんはまだ未知ということなのでしょうか。

教科書や論文を読んでいらっしゃるなら、実際のデーター、リファレンスまで掘り下げて、どのようなデーターをもとにマンガを書いているのか考えていけばいいかとおもいます。そもそも研究しているひとが、そのmachineryの物理的大きさだけに興味があって研究しているわけではないと思いますので、答えはご自分で組み立てていかないといけないかもしれません。
必要なDNAの長さは実験的にはin vitroでのアッセンブリーとかの実験がヒントにはなると思いますが、そういう実験はたいていの場合反応の1ステップとか限られた部分を見ている可能性もあります

(無題) 削除/引用
No.965-5 - 2012/10/02 (火) 19:06:04 - いろは
おおさんありがとうございます。
確かにおっしゃるとおりです。
相同組換えに関する教科書や論文を読んでいてもグラフィカルなマンガが多くて,なかなか具体的なmachineryの大きさや必要なDNAの長さが記述されている書物を見つけることができません。

やはりそのへんはまだ未知ということなのでしょうか。

(無題) 削除/引用
No.965-4 - 2012/10/01 (月) 07:31:06 - おお
必要な長さ(スペースその他ふくめて)とタンパクが認識してDNAをカバーしている領域では違った数字が出てきても不思議ではないのでは?

そう同組み替えされる時の領域のタンパク(ヒストンなど)の修飾の変化も含めて考えると可也幅広い領域になりますし、DNA障害を認識するコアな部分だけを考えるとそれに対してすごい短い領域になると思いますけど。

質問に具体せいがちょっと欲しいかなと思いました。

(無題) 削除/引用
No.965-3 - 2012/09/27 (木) 23:11:08 - いろは
〜さん,早速の回答ありがとうございます。
42bpって,そんなに短いですか。
kbオーダーで必要かと思っていました。

42bpは組換えのイニシエーション時に必要な相同配列部分じゃないでしょうか?(これについては400bp必要という論文がありました)。

よく教科書で掲載されているホリデイジャンクションなどの図は,何bpの縮尺で書いてあるのか疑問です。

(無題) 削除/引用
No.965-2 - 2012/09/27 (木) 15:51:14 - ~
片側だけしか見ていませんが、Zhangの相同組換えの系だと42bp

相同組換え修復で会合する複合体の大きさは? 削除/引用
No.965-1 - 2012/09/27 (木) 11:17:46 - いろは
いつも参考にしています。
急遽調べなくてはならないのですが,周辺の文献をあさってもなかなかみつからないので,質問させてください。

相同組換え修復で集まるタンパク質群の複合体は,何塩基くらいのスペースが必要なのでしょうか?
具体的に100bpくらいとか,そしてそれを示す論文などを紹介して頂けると幸いです。

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