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非還元SDS-PAGEのスメアなバンドの解消法 トピック削除
No.9645-TOPIC - 2021/04/27 (火) 21:00:49 - ぴょん
凝縮しやすいタンパクの非還元SDS-PAGEの検討をしているのですが、高分子量側にスメアなバンドが生じてしまいます。還元条件では認められないのですが、実験の目的上、還元条件で分析することができません。
今のサンプル処理方法は、サンプル調製液と混合後に95℃で5分加熱しています。
何かよい方法があれば、お教えください。
 
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(無題) 解決済み 削除/引用
No.9645-3 - 2021/04/30 (金) 23:07:54 - ぴょん
vbんjkl様
情報ありがとうございます。
早速ヨードアセトアミドを試してみたのですが、SDS-PAGEのサンプル調製する前に既に凝縮しているらしく、ほとんど変わりませんでした。
今回のサンプルには効果はありませんでしたが、今後の試料調製に役立てることができそうです。

(無題) 削除/引用
No.9645-2 - 2021/04/27 (火) 21:42:32 - vbんjkl
還元剤がないので、変性したタンパク質のCys同士がタンパク質内あるいはタンパク質間でランダムに結合してできた様々なサイズの多量体をみているものと思います。タンパク質濃度を下げる(分子が出会う頻度を減らす)、加熱しない(SDSによる変性に要する時間を大幅に短縮する上では加熱は有用ですが還元剤非存在下では加熱しないようがいいと思います。室温~37℃で数時間おいています。、SDS可溶化したらあまり長くおいておかないでできるだけ速やかにSDS-PAGEする(調製後時間経つとこのような現象は顕著になります)。などで多少は改善するかもしれません。

もし実験に差し支えないならば、SDS化の際にヨードアセトアミドなどのアルキル化剤を反応させる(例:数十mM, 室温〜37℃、30分くらい)ことで、ランダムなジスルフィド結合を作る可能性のあるフリーCysのSH基は不可逆的にブロックすることができます。不可逆的な反応なので、その後試薬を除いてもアルキル化修飾Cysはそのままです。多分一番有効かつ確実です。

非還元SDS-PAGEのスメアなバンドの解消法 削除/引用
No.9645-1 - 2021/04/27 (火) 21:00:49 - ぴょん
凝縮しやすいタンパクの非還元SDS-PAGEの検討をしているのですが、高分子量側にスメアなバンドが生じてしまいます。還元条件では認められないのですが、実験の目的上、還元条件で分析することができません。
今のサンプル処理方法は、サンプル調製液と混合後に95℃で5分加熱しています。
何かよい方法があれば、お教えください。

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