還元剤がないので、変性したタンパク質のCys同士がタンパク質内あるいはタンパク質間でランダムに結合してできた様々なサイズの多量体をみているものと思います。タンパク質濃度を下げる(分子が出会う頻度を減らす)、加熱しない(SDSによる変性に要する時間を大幅に短縮する上では加熱は有用ですが還元剤非存在下では加熱しないようがいいと思います。室温~37℃で数時間おいています。、SDS可溶化したらあまり長くおいておかないでできるだけ速やかにSDS-PAGEする(調製後時間経つとこのような現象は顕著になります)。などで多少は改善するかもしれません。
もし実験に差し支えないならば、SDS化の際にヨードアセトアミドなどのアルキル化剤を反応させる(例:数十mM, 室温〜37℃、30分くらい)ことで、ランダムなジスルフィド結合を作る可能性のあるフリーCysのSH基は不可逆的にブロックすることができます。不可逆的な反応なので、その後試薬を除いてもアルキル化修飾Cysはそのままです。多分一番有効かつ確実です。 |
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