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ECL femtoのバックグラウンド トピック削除
No.9627-TOPIC - 2021/04/19 (月) 10:30:30 - ECL femto
質問させてください。
マウス組織においてタンパク質発現解析をウエスタンブロットにて行っています。
発現量が非常に低いタンパク質なため、ECL femtoを使っています(総タンパク質量50 ug/laneで流しています。)。
それ以外のタンパク質に関してはECL pico程度のものを使っています。

5秒ほどのX線フィルムへのexposureでみたいタンパク質は見えるのですが、もう少し長くすると真っ黒になります。それはしかたのないことなのか、それとも工夫次第ではなんとかなるものなのかをお聞きしたいです。

使用しているのはHRP-anti-rabbit IgGをJackson immunoresearchから購入し、1mg/mlのものを1000倍にスキムミルク in PBS + 0.05% Tween20に希釈して60分、PVDF膜と反応させています。

washはPBS + 0.05% Tween20で10分x6を基本とし、それ以上は洗っています。
それでもなお、10秒を超えてexposureさせると全体的にバックがあがるのは仕方のないことかもしれませんが、気持ち悪い線が入ったりとどこに起因するのかわからない変なシミ?ができてしまいます。

考えられる理由というか、工夫すべき点として、二次抗体の濃度や反応時間が高すぎると思います。
おそらく10000倍で30分の反応でも十分と思いますので、現在試行中です。
それ以外に、考えられる点はありますでしょうか?
どうぞよろしくお願いいたします。
 
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(無題) 削除/引用
No.9627-7 - 2021/04/20 (火) 01:22:37 - おお
ECL femtoはすごく感度が高そうですね。それだけバックグランド(SN比のN)のコントロールが必要です。昔出ていたECL Advanceとかは2次抗体100000倍とかで、Washも50mlぐらい使えというふうなプロトコールが示されていたと思います。ECL femtoもそれぐらい思い切ってもいいのかもしれません。

わたしも2次抗体の量はコントロールしたほうがいいと思いますし、場合によっては1次抗体の濃度も下げてもいいのではと思います。ECL Advanceは専用ブロッキング剤をうっていたので、ブロッキングも工夫する余地があるのかもしれません。わたしはたいてい1%PVPを使ってますが、それがベストかわかりません。Can Get Signal のようなものも売っているので試す価値があるのかもしれません。バッファーも少し塩濃度を上げたり。pHを高くしたりというプロトコールもあります。私は1.2xPBSをつかって。Tween 20は0.2から0.3%です。結構いい加減に量り取っているのでだいたいこの範囲でブレるという恥ずかしい状況ではあります。

何れにせよ、しばらくコンタクトして真っ黒になるのはちょっとバックが高すぎるなと言う感覚です。


むかし、どなたか高感度のものを低感度のもので薄めて感度を調整するといった方法を教えてくれた方がいます。私はECL+グレードかそれより少し強いもの(とおもっている)で、H2O2が抜けて使えなくなったものに自前でつくったECL試薬を混ぜて感度調整しています。どれとどれのコンビネーションがいいとか言えませんが、相当強いものを使っているので、アクチンとかかえって使いづらいだろうと思いますので、低感度のものを持っていたほうがいいような気がしますので。

50 ug/laneということですが、状況によるのでなんとも言えませんが、半分ぐらいでもいいような気がします。総タンパク量が低いほうがバンドがシャープになる傾向がありますので、検出感度がある程度低くてもバンドがしっかりみえる事が多いです。


あとあまり注目しないところですが、フィルムも高感度(低分解能)と高分解能(低感度)などありますので、場合によっては後者のほうが使いやすいのかもしれません。
共同研究できたポスドクが、フィルムを2枚重ねて膜から離れた方のフィルムを使うとか、何も写ってないすでにDevelopしたフィルム(青いやつ)を間に挟むとかしていたのを見たことがあります。いい方法どうかわかりませんが。。。

(無題) 削除/引用
No.9627-6 - 2021/04/19 (月) 19:51:46 - s
サーモのページを見ると、West PicoとWest Femtoの間には結構感度の違いがありそうなので、その間の感度のものを使うのが選択肢のひとつかと思います。(URLが長くなりすぎるので貼りません。)

SuperSignal系は最近使ってないのですが、Bio-radのClarity MaxがFemtoと同じぐらいのようなので、それより少し感度が低いのはAmershamのECL primeあたりか。

(無題) 削除/引用
No.9627-4 - 2021/04/19 (月) 16:11:35 - み
僕もECL感度を下げるのと2次抗体濃度を下げる2点で調節できる案件だと思うけど、なんで5秒勝負から一気に30分勝負になっちゃうのか疑問。

X線フィルムの5秒勝負なんて微調節できないから30秒とか1分勝負に持ち込むようにすれば良いだけでしょ。
フェムト試薬とピコ試薬で本当に1000倍の時間差がつくわけではないと思うけど。

(無題) 削除/引用
No.9627-3 - 2021/04/19 (月) 15:54:55 - ECL+femto
s様
ありがとうございます。

感度を落として30分以上exposeするとバックは低いままでかすかにモノが見えて良いのですが、ただ見える時と見えない時があり結果が安定しませんでした。
そこでECLの感度を高めることにして、今この結果です。

ありがとうございます、はやり二次抗体は高過ぎとのこと、早急に濃度を下げたものでリトライしてみます。

(無題) 削除/引用
No.9627-2 - 2021/04/19 (月) 15:14:12 - s
X線フィルムは感度が高いが直線性が悪いし、強いシグナルがblow-outしてしまうのはどうしようもないです。X線フィルムを使い続けるなら、解決策は発光試薬の感度を落とすぐらいでしょうか。

もちろん、一般的に言って二次抗体が濃すぎるとも思います。

ECL femtoのバックグラウンド 削除/引用
No.9627-1 - 2021/04/19 (月) 10:30:30 - ECL femto
質問させてください。
マウス組織においてタンパク質発現解析をウエスタンブロットにて行っています。
発現量が非常に低いタンパク質なため、ECL femtoを使っています(総タンパク質量50 ug/laneで流しています。)。
それ以外のタンパク質に関してはECL pico程度のものを使っています。

5秒ほどのX線フィルムへのexposureでみたいタンパク質は見えるのですが、もう少し長くすると真っ黒になります。それはしかたのないことなのか、それとも工夫次第ではなんとかなるものなのかをお聞きしたいです。

使用しているのはHRP-anti-rabbit IgGをJackson immunoresearchから購入し、1mg/mlのものを1000倍にスキムミルク in PBS + 0.05% Tween20に希釈して60分、PVDF膜と反応させています。

washはPBS + 0.05% Tween20で10分x6を基本とし、それ以上は洗っています。
それでもなお、10秒を超えてexposureさせると全体的にバックがあがるのは仕方のないことかもしれませんが、気持ち悪い線が入ったりとどこに起因するのかわからない変なシミ?ができてしまいます。

考えられる理由というか、工夫すべき点として、二次抗体の濃度や反応時間が高すぎると思います。
おそらく10000倍で30分の反応でも十分と思いますので、現在試行中です。
それ以外に、考えられる点はありますでしょうか?
どうぞよろしくお願いいたします。

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