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(無題) 削除/引用 No.9598-8 - 2021/04/06 (火) 11:53:40 - asan 法令で定められた水質検査とか分析受託調査じゃない、アカデミア論文の1データなら明確なやり方がない場合もあるので、その「できるだけ早く処理」というレベルで誤差範囲とみなせるならどういうやり方でもそこは本質的ではないということでしょう。 ただ、当然「出来るだけ早く＝結果に影響しないとみなせる常識的な範囲」というニュアンスでしょうから、明らかに結果が変わってるような状況では不正確な記述ですし、そもそも科学論文の厳密な表記ではないので、低温でも増減するような生態のものの解析では不適切ないし、厳密な方法の記述が求められる場合はあるかと思います。その辺は学術論文は過去に前例のないものを扱う場合もあるので、やり方に柔軟性をもたせている場合が多く、何をやったら正解、失敗ではなくて、本来であればやったことをできるだけ過不足なく記述することで、その結果の意味するところや解釈が妥当かどうか判断されるべきなんだと思います。 きになるならばその場で変化しないように処理するとかも可能でしょうし、最悪液体窒素等でスナップフローズンにしてから搬送なんていう場合もあるでしょう。そこまでやるか？という程度の話ならその業界の常識的に突っ込まれるようなやり方をしなければいいと思います。

(無題) 削除/引用 No.9598-7 - 2021/04/06 (火) 10:18:29 - ふぬら 返信遅くなり申し訳ありません。皆さんご回答ありがとうございました。 >[Re:2] おおさんは書きました : > そのフィルター濾過の目的は何？ 他の方がご回答いただいた通り、DNAの濃縮です。 >[Re:5] KGBさんは書きました : > > 理想的にはポータブルのポンプでも持っていって、その場で濾過して保存液に入れるなり凍結するなりすればいいんでしょうけど。 まさにそうなのですが、それは難しい状況です。 > 4℃でも殖える細菌はいるので、バイアスがかかる可能性は否定できない。冷蔵で持ち帰るにしても、特に処置せずになる早で持ち帰るにしても、「そういう条件で取得したサンプルからのデータ」ということでいいんじゃないでしょうか。 具体的なご提案ありがとうございます。 おっしゃる通り、低温でも増殖が考えられる細菌を定量したい上、使用するクーラーボックスが4度までは下がらないと考えられます。 一度、予定している方法で一定時間放置した際に菌数がどれくらい変化するか調べてみたいと思います。

(無題) 削除/引用 No.9598-6 - 2021/04/01 (木) 15:49:43 - おお >理想的にはポータブルのポンプでも持っていって、その場で濾過して保存液に入れるなり凍結するなりすればいいんでしょうけど。 まさにその提案をしようと思ったのです。でもフィルターの目的がデブリとかの除去だったら話が違うので質問しました。

(無題) 削除/引用 No.9598-5 - 2021/04/01 (木) 15:34:51 - KGB >そのフィルター濾過の目的は何？ 水圏環境メタゲノム解析をするときの集菌・濃縮の常法。 ろ過後のフィルターをDNA抽出に供する。 なので、濾過する前に溶菌したりするのを避けなければならないので、凍結以外で安定化しなければないところが難しいところ。 理想的にはポータブルのポンプでも持っていって、その場で濾過して保存液に入れるなり凍結するなりすればいいんでしょうけど。 4℃でも殖える細菌はいるので、バイアスがかかる可能性は否定できない。冷蔵で持ち帰るにしても、特に処置せずになる早で持ち帰るにしても、「そういう条件で取得したサンプルからのデータ」ということでいいんじゃないでしょうか。

(無題) 削除/引用 No.9598-4 - 2021/04/01 (木) 14:53:22 - noname フィルターろ過する目的はサンプルの濃縮であってますか？ フィルターを蓄冷材入りのクーラーボックスで持ち帰るというのが 一般的に行われていると聞いたことがあります。 水圏の細菌は4度付近でも増殖するものもいると思いますが、1日2日で劇的に 増殖するということは考えにくいと思います。 心配であれば増殖を抑えるようなバッファーでフィルターを満たすとかでしょうか。

(無題) 削除/引用 No.9598-3 - 2021/04/01 (木) 14:16:56 - T-2 ラボに持って帰るまでクーラーボックスに入れれば？ 4度Cに近い温度なら増殖は無視できるのでは？

(無題) 削除/引用 No.9598-2 - 2021/04/01 (木) 13:41:02 - おお そのフィルター濾過の目的は何？

qPCRによる環境水中の細菌数計測における固定について 削除/引用 No.9598-1 - 2021/04/01 (木) 11:59:57 - ふぬら 環境水中に存在するある細菌について、qPCRで定量しようと思っています。水を汲んでからラボに持ち帰り、フィルターろ過後凍結保存を行う予定なのですが、採水から凍結までの増殖についてどう考えればよいでしょうか。 固定するのが望ましいのかと思うのですが、「できる限り早く持ち帰り実験した」という記述の文献も見受けられます。 これでよいのであれば手間を省けるに越したことないのですが、皆さんのお考えをお聞かせいただけますでしょうか。 よろしくお願いいたします。

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