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結晶化における蛋白質とリガンドの特性について トピック削除
No.9595-TOPIC - 2021/03/26 (金) 19:48:05 - beginner
X線結晶構造解析において、蛋白質のリガンドの特性といった部分はどの程度影響を及ぼすのでしょうか?(例えば、リガンドの疎水性が高いと結晶化において不向きであるなど)勉強していく上で気になりました。
ご教授いただけますと幸いです。
　
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(無題) 削除/引用
No.9595-3 - 2021/03/31 (水) 01:37:45 - おお
わたしは経験等ないので、感覚的に答えると疎水性が強いからという理由でうまく行かないという単純な話ではないと思う。確かにちょっと調べた感じではLigandをDMSOやエタノールで溶かした場合、その溶媒が結晶化に影響を与えるという話はあるようです。まあそれでも相互作用が強いなら精製の初段階からLigandを入れて、すでに結合したものを精製するとかも可能だろうし。すでにそのような工夫をした例はあるようだし、「溶けない、、、困った」と単純になるわけでもないと思います。

https://hamptonresearch.com/blog-crystallization-of-protein-ligand-complexes-188.html
There are instances where the organic solvents (DMSO, Ethanol) used to dissolve the ligands interfere with the crystallization process. In such instances, try adding the dry compound to the crystallization drop with the protein. Or add the dry compound to the protein solution and put on a shaker overnight with gentle rotation.

興味があるなら結晶化について書かれているものをお読みになるといいかと思います。
Acta Crystallogr D Struct Biol. 2017 Feb 1; 73(Pt 2): 79–92.
Published online 2017 Feb 1. doi: 10.1107/S2059798316020271
PMCID: PMC5297911
PMID: 28177304

Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. 2007 Jan 1; 63(Pt 1): 72–79.
Published online 2006 Dec 13. doi: 10.1107/S0907444906047020
PMCID: PMC2483499
PMID: 17164529
Crystallization of protein–ligand complexes

(無題) 削除/引用
No.9595-2 - 2021/03/28 (日) 18:00:26 - WInter-8
答え：ケースバイケース
タンパク質の種類以上にリガンドの種類があるって言っても過言ではないでしょう。
どういうことを想定しているのか、もう少し書いてもらわないと答えられません。

例えば、
ミオグロビンは学生実験にも使われるぐらい結晶化しやすいが、
リガンドであるヘムは水溶液中で凝集しやすい（溶解度が低い）。
では、ヘムがないアポミオグロビンは結晶化しやすいかというと、
ヘムがないことで構造が不安定になるので結晶化できない（報告例はない）。

あるいは、リガンドが結晶化の妨げになる事例というのであれば、
タンパク質との相互作用が弱くて解離しやすい場合が挙げられます。
結晶構造が解けても、リガンド結合状態とアポ状態が混合しているような構造が見られることもあります。

結晶化における蛋白質とリガンドの特性について 削除/引用
No.9595-1 - 2021/03/26 (金) 19:48:05 - beginner
X線結晶構造解析において、蛋白質のリガンドの特性といった部分はどの程度影響を及ぼすのでしょうか?(例えば、リガンドの疎水性が高いと結晶化において不向きであるなど)勉強していく上で気になりました。
ご教授いただけますと幸いです。
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