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乾燥DNAを溶解させた際の保存温度ついて トピック削除
No.9587-TOPIC - 2021/03/19 (金) 17:03:32 - black lab
こんにちは

逆転写反応で、オリゴdTプライマーを用いています。
オリゴdTプライマーは乾燥状態で届いたため、100μMになるよう再懸濁してストックとして保存しています。
また、実験では50μMで用いるので、100μMのストックを希釈して調整し、50μMのプライマーをチューブで保存しています。

そこで、質問なのですが、現在、溶解させたオリゴdTプライマーを-80℃で保存していますが、調べると-20℃で良いとありました。
ちなみに、50μMのプライマーは-20℃で保存しています。

この場合、100μMのプライマーは-80℃から-20℃に移すべきでしょうか。

なぜ、-80℃に保存してあるのかは、先輩から受け継いだものなので分からないです。

もし宜しければ、皆様のもとに乾燥DNAが届いたとき、どのようにストック溶液を作成し、用いているかをお聞かせ願いたいです。
 
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8件 ( 1 〜 8 )  前 | 次  1/ 1. /1


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No.9587-10 - 2021/03/20 (土) 12:08:31 - み
50-100uM溶液状態で購入する場合でも室温で送られて来るから、クローニングなど数回しか使用しないものは室温に置きっぱなしだわ。それでも数ヶ月後に思いたって再利用してもワークした。
qPCRなど何年先でも使用するは高濃度の物を冷凍しておいて、使用時に少量を希釈する。
TEの持ち込みは反応系の最終濃度を考えればわかるでしょう。
水のグレードもDNA workにはミリQ水をオートクレーブしたものしか使ったことない。

(無題) 削除/引用
No.9587-9 - 2021/03/20 (土) 08:00:24 - G25
合成オリゴDNAは、最低グレードでも脱塩精製をしているはずだし、乾固もアルコール沈澱ではなく凍結減圧乾燥なので、塩の持ち込みは実質的にないと思います。

TEでも反応液中で希釈されるので実質的に問題になる濃度ではないと思います。反応液に大量に投入されるdNTPにキレート様作用があること考えれば、微量のEDTAを気にする合理性に疑問があります。

もっとも、プライマーの安定性に寄与するのはEDTAではなくてバッファーされているということです。核酸自体が弱酸なので純水に溶かすと溶液が酸性になり、プライマーを攻撃します。TEである必要はないけれど、同程度のバッファーを使うのは、安定性の向上に高い効果があります。

(無題) 削除/引用
No.9587-8 - 2021/03/20 (土) 06:21:55 - おお
TEで問題ないです。実際に反応液にどれくらいのEDTAが入り、反応溶液中にはMg++などどれくらいの量あるか確認してみればわかると思います。それでも気持ち悪いなら水でもいいですし、薄めたTEを使う人もいます(既出ですが)。

(無題) 削除/引用
No.9587-7 - 2021/03/20 (土) 05:51:45 - て
100uMにするのに、TEで希釈しても、その後の RTqPCRとかで問題無いですか?
微量だろうけどEDTAの次の実験系への持ち込みが嫌で、水しか使っていないです。凍結乾燥の前からの塩類の持ち越しもあるだろうと考えています。



ちなみに、当方では、RNAseフリーでDNaseフリーの水を安く売っているときに、箱で買って冷凍しておき、適宜、分注しながら、5年以上、いろいろな目的に使い回しています。

オリゴDNAも、100uMになるよう、上記の水に希釈して、マイナス30度で保存。一年程度で捨てる。

作業用には、10uMの上流プライマーと下流プライマーのカクテルになるように、上記の水で調整して、マイナス30度で保存。数ヶ月以内に作り直し。

(無題) 削除/引用
No.9587-6 - 2021/03/19 (金) 19:10:54 - s
https://sg.idtdna.com/pages/education/decoded/article/storing-oligos-7-things-you-should-know

かいつまんで言うと、一年ぐらいなら冷蔵で平気だし、TEに溶かしておけば37°Cに置いておいても半年ぐらいはだいじょうぶとのことです。

自分では0.1xTEに100μMに溶かして、-20°C保存しています。

(無題) 削除/引用
No.9587-4 - 2021/03/19 (金) 18:52:28 - G25
-80℃ではいけない理由はないです。
逆にわざわざ50 uMを-20℃、100 uMを-80℃と温度帯を変えて保存する理由もないです。

それと、100 uMのストックを50 uM に希釈してworking solutionにするというメリットもわからない。濃度が倍しか違いませんから、全量希釈してしまったほうが都度希釈が必要ないぶん賢いようにおもうけど。
ストックを希釈しない高濃度で置くメリットは、希釈によって不安定になり分解しやすかったり吸着ロスが起こることを防ぐこと、体積を抑えて余計に保存スペースを節約できること、なんかがあるけど、それには10倍とか100倍とかじゃないと効果的じゃないよね。


私は最近、オリゴのストックは数ヶ月スパンなら冷蔵保存している。
凍結融解がかえって良くない気がするのと、解かす必要がないので使いたいときにすぐ使えるから。
ただし、溶媒は純水ではなく、10 mM TrisかTE。
経験上、純水だとすぐに性能が落ちる気がする。

(無題) 削除/引用
No.9587-2 - 2021/03/19 (金) 17:56:04 - おお
温度はどっちでもいいと思います。数年とか言う単位だと差が出るかもしれませんけど。

乾燥DNAを溶解させた際の保存温度ついて 削除/引用
No.9587-1 - 2021/03/19 (金) 17:03:32 - black lab
こんにちは

逆転写反応で、オリゴdTプライマーを用いています。
オリゴdTプライマーは乾燥状態で届いたため、100μMになるよう再懸濁してストックとして保存しています。
また、実験では50μMで用いるので、100μMのストックを希釈して調整し、50μMのプライマーをチューブで保存しています。

そこで、質問なのですが、現在、溶解させたオリゴdTプライマーを-80℃で保存していますが、調べると-20℃で良いとありました。
ちなみに、50μMのプライマーは-20℃で保存しています。

この場合、100μMのプライマーは-80℃から-20℃に移すべきでしょうか。

なぜ、-80℃に保存してあるのかは、先輩から受け継いだものなので分からないです。

もし宜しければ、皆様のもとに乾燥DNAが届いたとき、どのようにストック溶液を作成し、用いているかをお聞かせ願いたいです。

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