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TBEバッファー、0.5×か1×か トピック削除
No.9538-TOPIC - 2021/02/25 (木) 00:16:38 - つかさ
初歩的な質問でお恥ずかしいのですが、
ひとりでは解決できないのでこちらに投稿させていただきます。

アガロースゲル電気泳動で約130bpのPCR産物を確認したいのですが、
TBEバッファーの希釈を0.5×にするか1×にするかで悩んでいます。
購入した短鎖用のアガロースの説明書にはTBEとだけ書かれており、
推奨濃度は記載されていませんでした。

バイオ系のウェブサイトを色々閲覧したところ、
・タカラバイオ:1×TBEがお勧め
・ニッポンジーン:0.5×TBEが使用可(ポリアクリルアミドなら1×TBE)
・サーモフィッシャー:0.5〜1×TBE
とばらつきがあり、決めかねています。

経験上ではこんな感じ・こちらがおすすめとか、
使い分けの根拠をご存知の方がいらっしゃればアドバイスをいただきたいです。
よろしくお願いいたします。
 
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(無題) 削除/引用
No.9538-7 - 2021/02/25 (木) 13:07:31 - s
> TAEだって構わないさ。私はTAEでやる。労力費用対効果をみればそれで十分。

同じく。濃いストックがつくれないし、ホウ酸塩が沈澱してボトルの口が汚れるし、TBEにいい点はほとんどない。核酸のPAGEを頻回にやるのだったら、また話は別ですが。

(無題) 削除/引用
No.9538-6 - 2021/02/25 (木) 13:01:15 - G25
どっちだっていい。
一方が全然だめで、もう一方は素晴らしいってことにはならない。
微妙に泳動速度やスペーシングが変わるだけで、見た目で劇的に変わるものでもあるまい。

TAEだって構わないさ。私はTAEでやる。労力費用対効果をみればそれで十分。
3-4%の単フラグメント用のアガロース(Nusieveなど)や改変アガロースをつかえば、100 bp以下の産物でもしっかりバンディングできて、10 bpくらいの差を見分けることも可能。

(無題) 削除/引用
No.9538-5 - 2021/02/25 (木) 10:16:55 - apes
すみません。文字化けしてますね。0.5×TBEです。

(無題) 削除/引用
No.9538-4 - 2021/02/25 (木) 10:15:52 - apes
0.5✕TBEで問題ないと思います。むしろポイントはアガロースゲルの品質と%で、短鎖用と謳っているのであれば、あとはゲルの%を振ってみて最適な条件を見つければいいと思いますよ。

(無題) 削除/引用
No.9538-3 - 2021/02/25 (木) 05:37:42 - おお
>ゲルではやらないほうがいいと思うし、やったこともない。

アガロースではやらないほうがいいと思うし、やったこともない。

(無題) 削除/引用
No.9538-2 - 2021/02/25 (木) 01:00:33 - おお
最終的な見え方にそんなに大きな違いはないです。0.5×のほうが泳動速度が早いです。

PAGEの場合、私は(個人的にですが)泳動そうのBufferを0.5×、ゲル内を1×にしてます、ゲルにサンプルが入るとき若干スタックされないかなと期待して。このときちょっとDyeの移動パターン(BPBとXC)が違うような気がしますので、すこし違いがあるのだろうけど、マーカーなどのはきちっと泳動されていいるので気にしないことにしてます。ゲルではやらないほうがいいと思うし、やったこともない。

TBEバッファー、0.5×か1×か 削除/引用
No.9538-1 - 2021/02/25 (木) 00:16:38 - つかさ
初歩的な質問でお恥ずかしいのですが、
ひとりでは解決できないのでこちらに投稿させていただきます。

アガロースゲル電気泳動で約130bpのPCR産物を確認したいのですが、
TBEバッファーの希釈を0.5×にするか1×にするかで悩んでいます。
購入した短鎖用のアガロースの説明書にはTBEとだけ書かれており、
推奨濃度は記載されていませんでした。

バイオ系のウェブサイトを色々閲覧したところ、
・タカラバイオ:1×TBEがお勧め
・ニッポンジーン:0.5×TBEが使用可(ポリアクリルアミドなら1×TBE)
・サーモフィッシャー:0.5〜1×TBE
とばらつきがあり、決めかねています。

経験上ではこんな感じ・こちらがおすすめとか、
使い分けの根拠をご存知の方がいらっしゃればアドバイスをいただきたいです。
よろしくお願いいたします。

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