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(無題) 削除/引用 No.9513-11 - 2021/02/21 (日) 22:38:19 - aka asan様 ご教授いただきまして誠にありがとうございます。 asan様にご提示いただいた方法が最も確実と考え、こちらで進めたいと思います。 皆様ご教示いただき誠にありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.9513-10 - 2021/02/19 (金) 11:32:14 - asan プリデザインなんかしなくても、1週間もあれば自分で複数デザインしてリポフェクションが容易なマウスの細胞でsgRNAを作って一番切断効率とKOできるやつをWBで確認するぐらい簡単にできますけどね。 なんでも初めから既製品ばかり買ってやろうとしてるから、そういう時に困るかな。 ま、今後一生sgRNAなんか作る予定ないってならそのほうが楽だと思うけど。

(無題) 削除/引用 No.9513-9 - 2021/02/17 (水) 12:37:54 - aka が様 重ねてご指導いただき誠にありがとうございます。 RESOURCE INFORMATIONの項目内のBrie Library Target Genes(9.0 MB)のリンクでしょうか。 理解力が乏しく度々大変申し訳ありません。 nanashi様 ありがとうございます。 培養細胞です。 ご紹介いただきました本を読んだところ、まさに知りたい内容が順序立ててわかりやすく集約されており、大変勉強になりました。論文と合わせて引き続き勉強したいと思います。 AA様 ありがとうございます。 ご指摘いただきました通り記載がありました。お恥ずかしい限りです。ありがとうございます。 皆様 お恥ずかしい話ですが、用語からわからない事ばかりで、何が正解かわからず右往左往していました。初心者の目線に立って初歩的な内容を丁寧にご指導いただき、このような滅多にない機会に心より感謝です。まだ理解が足りませんが、一人で立ち往生していた部分が少しずつ掴めて来たように思います。引き続き勉強いたします。ありがとうございます。

(無題) 削除/引用 No.9513-8 - 2021/02/16 (火) 16:29:34 - AA santa cruzの製品のガイドはScience 343: 84-87.で使われてる3つなのかな？ データシートのリファレンスに列挙されていますが。(TableS1に載ってます) この製品が3つの異なるプラスミドでプールであることはデータシートにもサイトにも明記されています。 コマーシャルなものなので詳細な配列をわざわざ記載しませんが、元論文をたどればわかると思いますよ。 遠い昔、定量PCRのプライマー配列について似たようなことを指導教官に聞き、ちゃんと調べろと叱られたことを思い出しました。

(無題) 削除/引用 No.9513-7 - 2021/02/16 (火) 16:29:15 - nanashi 培養細胞ですよね。 この本と、下記論文を読んで、Addgeneからpx-459を購入すれば 大抵は自分でできますよ。 ISBN978-4-7581-0190-5 O'Prey J, Sakamaki J, Baudot AD, New M, Van Acker T, Tooze SA, Long JS and Ryan KM: Application of CRISPR/Cas9 to autophagy research. Methods Enzymol. 588:79ｨC108. 2017

(無題) 削除/引用 No.9513-6 - 2021/02/16 (火) 15:48:48 - が いやいや、よく探しなさい。 購入せずとも、そのページにexcelデータのリンクがあります。

(無題) 削除/引用 No.9513-5 - 2021/02/16 (火) 15:40:37 - aka 早速のご回答誠にありがとうございます。 大変勉強になります。 大変申し訳ありませんが、重ねて基本的なご質問をさせてください。 教えていただいたaddgeneの情報は、購入しないと閲覧できないものでしょうか。 また、以下のサイトの商品のように販売されているものを見つけました。（しかし金銭的に購入は難しいため、gRNAの作成が目標です。） https://www.scbt.com/ja/p/atg9a-crispr-knockout-and-activation-products-m こちらのような製品に使用されているgRNAの配列は、購入しなければ知ることはできないのでしょうか。 また、このような製品のプラスミドに使用されているgRNAは1種類のみか、あるいは、異なるgRNAから成る複数の種類のプラスミドが混ざって売られているのか教えていただけると助かります。 初歩的な質問で大変申し訳ありませんが、何卒よろしくお願い申し上げます。

(無題) 削除/引用 No.9513-2 - 2021/02/16 (火) 09:39:01 - が 既にデザインずみのBrie sgRNA libraryからATG8を探して使う。 addgene (https://www.addgene.org/pooled-library/broadgpp-mouse-knockout-brie/)に情報あるので、excelダウンロードして探す。

cas9を用いたAtg9 KOのためのgRNA配列(mouse)について 削除/引用 No.9513-1 - 2021/02/16 (火) 09:33:16 - aka よろしくお願いいたします。 マウスのセルラインでcas9を用いてAtg9をノックアウトしたいと考えておりますが、既報でgRNAの配列を見つけることができず、ご相談させていただきました。 （既報の多くはAtg9 KOマウス由来のMEFを使用していらっしゃいます） 次の手段として、genscriptなどで報告されている配列を一つずつ調べていく方法を考えておりますが、その他確実に有効な配列を見つけ、使用できる方法がありますでしょうか。 研究初心者のためわからないことが多く、困ってこちらにご相談させていただきました。 是非御指導何卒よろしくお願い申し上げます。

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