全4件 ( 1 〜 4 )　 前 | 次 　1/ 1. /1

(無題) 削除/引用 No.9474-4 - 2021/02/03 (水) 16:50:45 - おお 指標ということはその現象を解明したりするのは二の次なんだ。 ならば検出で都合が良いものならそれでいい。 たとえばCDマーカーとか、発現が落ちることによって分化したとか、あるタイプの細胞の方へ分岐したとか言うのもあるし。 生理的な意味を考えるなら、発現が落ちることが必要な場合もあるのだから、生理的現象の解明においては考慮したほうがいいものもあると思う。 また、Enrichment Analysisをするなら有意に発現が上がったものと下がったもの合わせて行うことも多い。 発現が変わらないものが細胞の生理的な維持に関わっているのだから重要だという観点もあるし。

(無題) 削除/引用 No.9474-3 - 2021/02/03 (水) 15:45:38 - み fold changeだけでなく有意に発現してそうな遺伝子かどうかRaw dataも考慮したほうが良い

(無題) 削除/引用 No.9474-2 - 2021/02/03 (水) 13:30:24 - bんjk 亢進、抑制にかかわらず、対照群に対してfold changeが大きいものから調べてみたほうがいいと思う。もちろん変化が大きい（目立つ）から重要（小さいから重要でない）とは限らないことは当然だけど、、変化が小さいものは、再現性とかバラツキとかで安定しないことあるから、ある程度明瞭なものをとりあえず調べてみて、悪いことはあまりないと思うし。

遺伝子発現の亢進or抑制どちらが優先される変動？ 削除/引用 No.9474-1 - 2021/02/03 (水) 12:32:57 - ccl20 マイクロアレイ解析を行いました。 Fold change、統計量からランキング上位に検出された変動遺伝子の中から、ある現象の指標となりそうな候補遺伝子を探索しています。 具体的には、培養細胞において、ある薬剤を投与した際に発現亢進する遺伝子を指標としようと考えていました。 これまでなんとなく発現亢進のみに注目して調べる計画を立てていました。しかし、発現が抑制された遺伝子もあります。 単純にFold changeを比較するのは正しくないのかもしれませんが、発現亢進した遺伝子のなかで最大Fold changeは200倍で、発現抑制は‐10程度だったことから、特に検討することなく亢進したものにフォーカスしてました。 質問は、（今回の目的の場合）発現亢進あるいは抑制に着目する決め手は何ですか？

全4件 ( 1 〜 4 )　 前 | 次 　1/ 1. /1

パスワードを入力してチェックした記事を

チェックした記事を

このトピックにメッセージを投稿する 名前  メール  　アドレス非公開    タイトル  本文       設定  クッキーを保存（次回の入力の手間を省けます） 上に上げない（トピックの一覧で一番上に移動させません） 解決（問題が解決した際にチェックしてください） 暗証  半角英数字8-12文字の暗証番号を入れると、あとで削除、修正ができます。 送信

---

〔使い方〕 「アドレス非公開」をチェックすれば、自分のメールアドレスを公開しないで他の方からメールを受け取れます。 問題が解決した際には、解決ボタンをチェックして解決した旨のコメントをつけてください。これは、初めにトピックを作った人と管理人のみが可能です。 半角カタカナ、機種依存文字(全角ローマ数字、○の中の数字等)は文字化けの原因となりますので使わないでください。

---