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(無題) 削除/引用 No.9448-8 - 2021/01/23 (土) 17:36:21 - そば thermoのサイトでは90〜110%が増幅効率の許容値として明記されています。 https://www.thermofisher.com/blog/learning-at-the-bench/qpcr-basic49/ おお先生のおっしゃる通り、測定誤差として見做して良い値であるとは思いますし、特に検量線を引いて退寮してる場合にはそこまで気にするような数値ではないようです。

(無題) 削除/引用 No.9448-7 - 2021/01/23 (土) 17:25:01 - s https://biosistemika.com/blog/qpcr-efficiency-over-100/

(無題) 削除/引用 No.9448-6 - 2021/01/23 (土) 17:23:41 - おお >[Re:5] black+labさんは書きました : > qPCR装置のソフトウェアが計算しているため、計算間違いは考えにくいです。 > > 増幅効率が100を超える＝1サイクルで2回増幅されていると考えてよろしいでしょうか。 それは可能性としては否定しませんが、１００（％）であるときに出る実測値の誤差の範囲を超えないか、明らかなエビデンスがない限りそう結論づけるのは保留にしたほうがいいです。ただしそのような柔軟な発想力自体はいいことです。 そもそも１００を著しく超える（１１０％以上とか）場合は１サイクルで２回以上の増幅が起こったという結論を出しません。PCRのどこかに不備があると結論づけます。

(無題) 削除/引用 No.9448-5 - 2021/01/23 (土) 17:03:27 - black+lab qPCR装置のソフトウェアが計算しているため、計算間違いは考えにくいです。 増幅効率が100を超える＝1サイクルで2回増幅されていると考えてよろしいでしょうか。 qPCRを用いた実験をしている人が研究室内にいなくて（先生も遺伝子発現関連は初めて）アドバイスがいただければと助かります。

(無題) 削除/引用 No.9448-4 - 2021/01/23 (土) 00:43:19 - そば PCRの反応条件やプライマーの性質などによっては十分に起こりうることだと思います。 PCRの反応条件において、理論上ではdenature、annealing、extentionの三段階にステップを分けて設定しますが、 annealingのステップで厳密にannealingしか起こっていないかというと、そうではないということです。 それと同じで、extentionのステップで二本鎖の解離やプライマーの再アニーリングなどが十分に起こり得ます。 感覚的には、PCR産物の長さに対してPCRの反応条件の時間が 長すぎると1サイクルで2回増幅されちゃうなんてことが起こりやすそうな気がします。

(無題) 削除/引用 No.9448-3 - 2021/01/22 (金) 17:16:53 - おお それくらいなら測定誤差範囲という判断もできそうな気がします。許容範囲がどれくらいかは頻繁に測定している人からアドバイスがもらえるのがベストだとは思いますが。もちろん１００を大幅に超えるとPCRの信頼性の問題になるでしょう。 https://www.researchgate.net/figure/qPCR-primer-sequences-PCR-efficiency-correlation-coefficient-of-standard-curves-Cq_fig9_230589995 ここではSEMで１０％以上のものがいくらかある。 逆に本当にちゃんと１００％の効率の系で実測値が１００％ちょうどになる方がある意味びっくりです。

(無題) 削除/引用 No.9448-2 - 2021/01/22 (金) 16:52:16 - g 計算間違い

qPCRの増幅効率が100を超えるとき 削除/引用 No.9448-1 - 2021/01/22 (金) 16:50:46 - black lab こんにちは 先日、qPCRで検量線を作成しました。 その際に、増幅効率が104.63と101.43になったのですが、増幅効率が100を超えるとは何を表しているのでしょうか。

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