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(無題) 削除/引用 No.9435-7 - 2021/01/23 (土) 01:46:49 - たろー 既にあがっていてインストール版ですが、AutoDockはどうでしょうか。web版なら一応ROSIE docking server　(Rosettaのweb版)とかもあります。 ただ、どちらもSwissdockと似たような構造ベースのものなので、オリゴペプチド単体とligandの結合を正確に予測するのは結構難しいような気もします。 またligandのサイズにもよりますが、そもそもオリゴペプチド(10aaくらいを想定しておりますでしょうか)くらいだと、十分な疎水性ポケットを作れないきがするので、ligandと特異的な相互作用を形成できるのかなという気もしています。ligand側にペプチドの側鎖と相互作用するような特殊な化学基があれば違うのかもしれませんが。 ただ私もそこまでこの分野に明るいというわけではないのであまり断定的なこと申し上げられないです。

(無題) 削除/引用 No.9435-4 - 2021/01/20 (水) 01:36:54 - おお Swissdockいってみました。これはまず蛋白側の構造を予測してからそこにLigandをはめ込むという感じですよね。 わたしの考えているのはオリゴペプチド（おそらく蛋白のループの部分とかフレキシブルな部分）とある低分子が結合しうるかを見てみたいと思ってます。ちょっと考えている低分子もここからは見つけられないしなぁ。。。

(無題) 削除/引用 No.9435-3 - 2021/01/20 (水) 01:28:33 - おお インストールはIT部門の承認がいるので（といっても実際はそう大変ではないですが）、まずはWEBサービスを見てみることにします。 ありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.9435-2 - 2021/01/19 (火) 17:12:02 - モルカーいいよね molecular docking (低分子ドッキング、ドッキングシミュレーション)ですね。 無料でインストールするソフトウェア（autodockvinaなど）や、webサービスだとSwissdockなどがあります。ドッキングシミュレーションについての概要は↓が分かりやすいです。 https://www.jstage.jst.go.jp/article/cicsj/34/1/34_10/_pdf あくまでシミュレーションなのでご要望の「結合するか、するときの構造はどうなっているか」についてどこまで現実の生体内反応を反映しているかは注意する必要があります（この点も↑で多少触れられています）

ペプチドと低分子の結合 削除/引用 No.9435-1 - 2021/01/17 (日) 10:33:11 - おお ペプチドと低分子（Ligandとかケミカル、生体内にある分子など）が結合するか、するときの構造はどうなっているかのモデルを作れるWEB上のツールはありますか？ vls3d.com/index.php/links/bioinformatics/peptides-antibodies-epitopes ここ見てたんですけど、目が痛くなってきた。

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