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コンペンセーションは毎度必要かどうか トピック削除
No.9419-TOPIC - 2021/01/08 (金) 07:31:02 - FCM
平素は大変お世話になっております。
10色でのマルチカラーフローサイトメトリーを行なっていますが、
毎回、補正用にシングル染色を準備したり、FMOサンプルを準備したりするとそれだけでサンプル数が膨大となり、さらにその分、抗体も激しく消費します。

マシンは共通機器室のLSR-2を使用しています。

5-7日おきくらいでLSR-2を使っていますが、この程度の空きでしたら前回のExperimentの続きからサンプルの取得ができないか、と考えています。

ただ私自身プロフェッショナルではありませんので、明るい方にお聞きしたいです。
よろしくお願いいたします。
 
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17件 ( 1 〜 17 )  前 | 次  1/ 1. /1


(無題) 削除/引用
No.9419-17 - 2021/01/14 (木) 06:45:21 - FCM
ど素人様

ありがとうございます。
ビーズを使うとリスクを減らせるのですね。
もし次回、10カラーでの細胞を使った蛍光補正で同様にオーバーコンペンセーションが得られれば、技術員の方と上司に相談してビーズを購入するかどうか検討します。

大変詳しく教えていただき、ありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.9419-16 - 2021/01/13 (水) 17:49:23 - ど素人
FCM 様

最大の問題が解決したようで、なによりです。54 % は大きいですね...

リンク先にあるように、確かに理論的には手動でやるのは邪道で、 automatic compensation で計算すべきということになりますが、「ただし automatic compensation が正しく機能しると仮定すれば」というただし書きが必要です。少なくとも FACSDiva では不自然な蛍光補正値になることがありますので、後々自分の目で確認することは必須となります。

もし automatic compensation の精度を向上させたい場合には、細胞ではなく compensation beads で単染色を作るほうが、プログラムによる誤った蛍光補正を減らせるかもしれません。
(ビーズであれば、抗体の使用量は細胞の場合よりも少なくて済む場合が多く、また同じ蛍光標識の別の抗体を使うことも可能です)

あとは Kit の標識を改善していただければ (先日拝見した、Kit+Sca1+ のなかで Lin+ 25 % は少し高すぎるので... Kit(int) の分画ができるかどうかで差がでるような気がします) 更にきれいなデータになりそうです。

ご武運をお祈りいたします。

(無題) 削除/引用
No.9419-15 - 2021/01/13 (水) 09:29:38 - FCM
ど素人様

FlowJoで取得済みデータをPEとPE-Cy7で展開したドットプロットを作成したところ、ど素人様の予見された通り、かなり歪んだ細胞集団が表示されました。
こんなことになっていたんだとしばらく言葉を失いました。

そこでリンク先の手順を参考に、FlowJoで取得済みデータのcompensationのパラメータ(数字)を調節し、PEとPE-Cy7の数値の54というものを1.2まで落とすと歪みがなくなりまして、PE (lineage) の軸への張り付きも抑えることができました。

autocompensationをしておけば間違いないという過信がありました。
まだきちんと理解しているわけではありませんので、引き続き勉強していきます。
取り急ぎお礼だけさせてください。

(無題) 削除/引用
No.9419-14 - 2021/01/13 (水) 08:13:42 - FCM
ど素人様

何度もありがとうございます。
いくつかのリンクをご紹介いただき、ありがとうございます。
Over compensationというワードも使われており、私の検索不足を認識しました。

記事にもあるように10色なので迷わずautocompensationを毎回利用していましたが、それでもovercompensation になってしまうのは驚きです。

中でもTim Bushnell, PhDのブログはとてもわかりやすいです。
この機会に系統的に蛍光補正を勉強します。
ありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.9419-13 - 2021/01/12 (火) 15:24:41 - ど素人
また、その他にもコンペンセーションの解説サイトはあります。
http://pdbu-support.bio-rad.co.jp/fcguide/0205.html

以下のサイトの Figure 5 というのが分かりやすいです。
https://expert.cheekyscientist.com/best-practices-in-flow-cytometry-compensation-methodologies/

(無題) 削除/引用
No.9419-12 - 2021/01/12 (火) 15:18:54 - ど素人
FCM 様

まず PE と PE-Cy7 の間と決め付けているわけではなく、そこで問題が起こるケースがみられるということです。

過蛍光補正 (over compensation) は compensation のやりすぎという意味ですから、蛍光補正、コンペンセーション、compensation などを調べていただくのがいいと思います。

取得後蛍光補正(post compensation) は正しい解析結果を得るための肝になるものです。FACSDiva でのやり方は以下で動画付きの解説が見られます。

http://www.bdj.co.jp/biosciences/support/AriaIII-manual/pc/section3/contents/manual-compensation-p49.html

(無題) 削除/引用
No.9419-11 - 2021/01/12 (火) 12:36:17 - FCM
ど素人様

お返事いただき、ありがとうございます。

はい、私も cKitの分離が悪いと感じていました。
試薬が足りそうになかったためいつもの半量以下で行ったことが原因の一つになりそうです。
cKitの発現量の多寡で3つに分離するというのはこれまで意識してきませんでした。
午後から研究室を出てしまったので、戻り次第データを確認してみます。
ありがとうございます。

もう一点の、軸への集団の張り付きの件なのですが、実は海外にいる友人に別のデータ (APCとAF700で展開したドットプロット)ではあるのですが、それを見せたところ、「これはオーバーコンペンセーションをしているよ」と指摘されたことが過去にあります。その時にはマニュアルを調べたりはしたのですが、オーバーコンペンセーションというワードではひっかかるものがありませんで、そのままその疑問や問題点を未解決のままこれまで来てしまっていました。

PE (lineage)とPE-Cy7 (Sca1)でHSCsのデータではオーバーコンペンセーションが起きているのですね...
一度まずオーバーコンペンセーションというものを勉強をしてみます。
ただBD Divaのマニュアルやその他グーグルでも「蛍光補正が強すぎる、オーバーコンペンセーション」という単語で検索があがってくるものが見当たりませんでした。
この言葉はフローサイトメトリー用に使われるワードだとは思うのですが、それを勉強するためのいいサイトをご存知ないでしょうか?

どのようにオーバーコンペンセーションを確認するか、なぜそれが起きてしまうのか、どのように対処するか、を知れたらと思います。と書いてしまうとど素人様にすべてお答えさせてしまうかもしれませんが、一度きちんと勉強をしたいです。

「オーバーコンペンセーション」をDivaマニュアルでは他のワードに言い換えている可能性はありますでしょうか?
何度もお聞きして恐縮ですが、お手すきの際にどうかよろしくお願いいたします。

(無題) 削除/引用
No.9419-10 - 2021/01/12 (火) 09:58:13 - ど素人
FCM様

プロットをお示しいただき、ありがとうございます。
HSC 分画が無事ゲートできそうとのことで、よかったです。

実は私のサンプルは細胞内染色をした後の解析なので、赤血球は全て溶血しております。骨髄幹前駆細胞の中には浸透圧による溶血で失われる細胞が一部あるという意見があります。ですから、溶血すべきかどうかはご自身の研究目的に合わせてご検討いただければと思います。

そのほか、私の視点からは 2 点気付いたことがございます。

まず最も重要と思われるのが、下段中央y軸(Lin) の貼り付きです。軸への貼り付きは、やはり解析の誤りに繋りやすいです。軸への貼り付きの原因として一般的なのは、オーバーコンペンセーションです。確か Lin は PE 標識であったと思いますが、LSR-2 ですから PE は青色レーザー励起だと思います。その場合、PE のチャネルへの漏れこみ補正に関わる他の標識は、FITC、PE-TexasRed (PE-CF594)、PE-Cy7、PerCP-Cy5.5 あたりになるかと思います。例えば、細胞全体のプロットで Lin (PE) と Sca-1 (PE-Cy7) を両軸にとった場合に、「(PE) - (%PE-Cy7)」の蛍光補正が強すぎるような場合に、起こりえます。念のため、上記の各標識について同様のオーバーコンペンセーションをチェックしていただければ幸いです。

第2点は、改善しなくても大丈夫かもしれませんが、c-Kit 標識がやや不明瞭な点です。添付していただいたプロットでは、Sca1陽性分画とSca1陰性分画で c-Kit 陽性を同じラインで分画できないほど標識が低く見えます。BV421 をお使いだと思いますが、これは非常に明るい蛍光標識なので、少し不思議な感じがします。私のプロットをご覧いただくと分かりますが、c-Kit (こちらは APC) の標識は幅広く、少なくとも low, intermediate, high の 3 つの分画をとることが可能で、Kit+Sca1+細胞についてはKit(high)のところで分画することができます (ちなみに、リンパ前駆細胞CLPはKit(int)Sca1(int) であるらしいです) 。

(無題) 削除/引用
No.9419-9 - 2021/01/12 (火) 05:30:33 - FCM
ど素人様

大変お世話になっております。
またご連絡が遅れてしまい申し訳ありません。

わざわざ私のためにデータを再解析くださり、ありがとうございます。
私も同様に解析してみました。
https://imgur.com/15sDXjf

まず初めに、ど素人様は赤血球を溶血されているような印象を持ちました。
私はしておりませんので、次回からそれを行ってみます。

「いずれにしろ、単染色に関しては「おかしいと思ったところで追加する」で間に合う場合が多い気がします。」

ありがとうございます。そのように次回から行ってみます。
また温度を含む、様々な要因が影響を与えてしまうとは知りませんでした。
とても勉強になりました。ありがとうございます。

Linを無視して、Live骨髄細胞のcKit Sca1での染色ですが、Linを外すことで両陽性の集団がど素人様と同じくらいの%で見ることができました。とても驚きました。Ckit+ Sca1+は平均して0.6%で、Sca1- cKit+は1.5%でした。

となると、なぜ私の場合、両陽性の細胞がLin+に来るのか、ということが納得いかなかったため、この点をに入念に調べたところ、そもそも私の「両陽性の細胞がLin+に来るのか」が誤りでした。というのも、LinのScaleをbiexponentialにして、さらにうんと10e-4までLinの染色を見れるようにすると、約75%ほどの両陽性の細胞がLin-にいました。なぜLinがこれほどマイナスの場所に両cKit+ Sca1+がいるのかわかりませんが、私の解釈が誤っていることが分かり、すっきりしました。
上のリンクの下段中央のドットプロットのy軸がlineageで、biexponentialにしています。

LT-HSCsの染色はうまくいってるかはわかりませんが、まずはダブルポジティブを見つけられたことが大きな前進です。感謝を言葉では言い表せないほどです。ありがとうございました。

また、LinにPEをあてがうのは勿体ない、というコメントをいただきましたが、言われてみれば確かにそうで、今までそこを疑問に思わず、cKitやCD48をもっと明るい色に変えようかなど考えていましたが、Linをご教示いただいたようにFITCに変更し、貴重なPEを低発現分子の検出に用いることにします。

この度は大変多くのご教授をいただき、ありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.9419-8 - 2021/01/10 (日) 12:03:04 - FCM
ど素人様

大変詳しくご教示くださり、ありがとうございます。
心から感謝しております。
研究室には火曜に行きますので、その際にど素人様からのご指摘を確認し、お伝えいたします。
取り急ぎのお礼だけになってしまい大変恐縮です。
ありがとうございます。

(無題) 削除/引用
No.9419-7 - 2021/01/09 (土) 13:22:59 - ど素人
FlowJo で FSC/SSC → Live/Dead → Kit/Sca1 の解析をした図です。
あくまで私の手元で解析したものであり、正しい保証はございません。
ご参考まで、ということでお願いいたします。

https://imgur.com/a/sFzPV3T

(無題) 削除/引用
No.9419-6 - 2021/01/09 (土) 10:10:46 - ど素人
すみません。念のため確認ですが、lineage でゲートせずに生細胞全体で解析していただき、

Kit+Sca1- 細胞の %
Kit+Sca1+ 細胞の %
そのときの FSC/SSC ゲート

をご確認いただけると幸いです。

(無題) 削除/引用
No.9419-5 - 2021/01/09 (土) 09:53:09 - ど素人
フローサイトメトリーの原理まで充分に理解しているわけではありませんが、把握している範囲でおこたえしますと、FACSの場合はCSTという精度管理プログラムでみられるように、チャンネルごとにシグナルの安定性が同様したり、経時変化したりすることがあります。

レーザー強度の安定性はもちろん関係ありますし、そこには室温の影響もある程度はあるかと思います。あとは一定の流速を維持しているポンプの調子が影響するかもしれません。ポンプが劣化するとやや深刻な影響が出ることがあります。もちろん設定の変更、フィルターの変更などがあれば根本的な影響になるかと思います。

いずれにしろ、単染色に関しては「おかしいと思ったところで追加する」で間に合う場合が多い気がします。

マウス骨髄細胞の標識については私はまだ論文を出していませんし、初心者の域をでません。しかも lineage の標識をさぼってやってないという...なのでどこまでお答えする権利があるかは分かりません。お使いの lineage マーカーは間違ってはいないと思いますが、そこを疑われる場合は、一度 lineage なしで Kit+Sca1+分画がちゃんとみれるか観察してみることがお勧めできるかと思います。

CD127 に関しては、大部分は Kit 陰性 (ないしは低発現) 細胞であると思いますが、Kit 陽性分画の中のリンパ前駆細胞 (CLP) がCD127陽性だといわれています。CLP は恐らく骨髄細胞の 0.1 % かそれ未満くらいしかいないとは思いますが、HSC を観察されたいとき、個人的には CD127 は入れておくことがお勧めと考えます。また、仮に不適切な lineage マーカーで染めたとしても、実験をやし直すまでもなく、解析のときに lineage でゲートしなければ確認できると思います。

FCM 様の解析において、Kit (強)陽性細胞の割合は細胞全体の何% くらいでしょうか? いま、ある日のマウス骨髄細胞のデータを FlowJo でみてみましたが、Kit+Sca1- 細胞が約 2%、Kit+Sca1+ 細胞が約 0.4% となっています。もし大幅に違うとすると、ひとつには FSC/SSC プロットでのゲーティングで外してしまっている可能性が考えられます。Kit 陽性細胞は FSC, SSC ともリンパ球 (CD3, CD19) よりやや高い傾向となりますが、その辺は大丈夫でしょうか。

あと本題と関係ないかもしれませんが、LSR-2 でデータ取得なされる場合、PE は明るい標識で貴重ですので、lineage に使うのは少しもったいないかも? というのは感じました。自分でもし HSC を解析するなら... おそらく lineage FITC を用い、PE は Sca1, CD48, CD150 のいずれかに当てるのがより optimal ではあるかもしれません。

(無題) 削除/引用
No.9419-4 - 2021/01/08 (金) 23:45:12 - FCM
ど素人様

大変詳しくご説明くださり、ありがとうございます。
明るい方からの書き込みがあり、とても心強いです。

「しかし、単染色がないと困ることもあります。ひとつは書かれていたように、機器の出力や設定に変化が生じたのではないかと思われる場合です。」

この機器の出力や設定の変化というのは、何に由来するものでしょうか?
例えば定期的なメンテナンスで共通機器室の技官さんが何かの設定を変えたり、レーザーの出力の経年劣化?など、機器のパフォーマンスに何からの変化が生じてしまうのでしょうか?

確かに一年前のExperimentの続きからデータ取得をしようとした時、集団の出方がおかしいなと感じることがありましたので、ど素人様がおっしゃられるように何かが変わっているのだと感覚的には思っていました。

ただ、毎回シングル染色は必ずしも必要ないことを聞けて、そうだったんだ、という思いを持てたことは大きいです。FMOに関しては同意しています。私も肝心な分子Xに関してのみ、FMOを設定するようにしています。



ど素人様はマウス造血幹細胞を染められた経験はありますでしょうか?
追加の質問で恐縮なのですが、一つ悩みがありますので、ご存知でしたら教えていただけますと幸いです。
私はマウス骨髄をフラッシュし、PE-lineage (CD3, CD19, CD11b, CD127), BV421-cKit, PE-Cy7-Sca1, で染めて、さらにCD48とCD150で展開してHSCの検出を試みています。

しかしLin-にゲートをかけて、cKit+ Sca1+のダブルポジティブを見ようとすると明確な集団が確認できません。それぞれシングルポジティブのものは明確に認められます。論文を見ると%は少なながらも明確に綺麗にダブルポジティブな集団が見えているので、何がおかしいか考えてるところです。ただ、0.01%ほどはいたので、ゲートバックするとLin+にそれらが含まれていました。だとしたら私の使うLinが不適切ではないかとの考えに至りました。

PE-lineage (CD3, CD19, CD11b, CD127)は不適切でしょうか?
CD127は外してみようかとは思っていますが、 HSCの大御所ラボでもCD127をLinで除外しているので問題ないはずなのですが・・・

追加で質問してしまい、恐縮ですが、もしご存知でしたらご教示いただけますと幸いです。

(無題) 削除/引用
No.9419-3 - 2021/01/08 (金) 10:10:25 - ど素人
あと FMO (fluorescence minus one) ですが、これも研究室によっては全ての標識についてサンプルを調整したりするかもしれません。しかし、全ての実験でそこまで必要かは疑問です。

FMO の場合は単染色とは異なり、ある特定の分子について発現が陽性か陰性かをハッキリさせたい場合に重要となります。したがって、例えば CD3やCD20のような分子に対してFMO を調整していたら、正直アホらしくなってくる場合もあるかと思います。

たとえば末梢血中のどの細胞(T細胞、B細胞、NK細胞、単球、その他)が分子Xを発現しているか、というのを探索しているとします。個人的には、この場合は X のところは毎回 FMO を用意します。それ以外のところは議論が破綻しないと考えられれば FMO は用意しません。

あとは単染色でもそうですが、肝のデータとそうでない場合(試し実験など)とで全く同じにする必要はない、という場合もあります。

多少でもご参考になりましたら幸いです。

(無題) 削除/引用
No.9419-2 - 2021/01/08 (金) 09:37:07 - ど素人
私自身は毎回コンペンセーションのための単染色を用意するかというと、そうとは限りません。明らかに蛍光補正の問題がなさそうなときは、省略することがあります。

サンプル取り込みの前のコンペンセーションというのは、最大の目的は蛍光補正値が 100% を超えるような事態を避けることです。そのような場合、検出器の電圧変更を要する場合がありますが、サンプルを取り込んだあとでは変更できませんから、先にやります。

しかし一度できた設定を使い回す場合、アフター・コンペンセーションで充分対応できますから、省略する場合もあります。(実はこのアフター・コンペンセーションというのがデータの質の向上にはとても重要です)

しかし、単染色がないと困ることもあります。ひとつは書かれていたように、機器の出力や設定に変化が生じたのではないかと思われる場合です。

もうひとつは、細胞が強い自家蛍光を発していることが疑われる場合です。この場合、自家蛍光と蛍光もれこみの区別をするため、自家蛍光の弱い細胞ないしはコンペンセーション・ビーズを用いることが必要となりえます。自家蛍光が疑われる場合、いそぎ実験室に戻って単染色を用意し、蛍光もれこみを確認する、というような場合もあります。

経験をつまれるほど、蛍光補正の肝となるポイントが分かってくるかと思います。

コンペンセーションは毎度必要かどうか 削除/引用
No.9419-1 - 2021/01/08 (金) 07:31:02 - FCM
平素は大変お世話になっております。
10色でのマルチカラーフローサイトメトリーを行なっていますが、
毎回、補正用にシングル染色を準備したり、FMOサンプルを準備したりするとそれだけでサンプル数が膨大となり、さらにその分、抗体も激しく消費します。

マシンは共通機器室のLSR-2を使用しています。

5-7日おきくらいでLSR-2を使っていますが、この程度の空きでしたら前回のExperimentの続きからサンプルの取得ができないか、と考えています。

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