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(無題) 削除/引用 No.9416-12 - 2021/01/09 (土) 12:53:14 - precursor charge がぁが様 ありがとうございます。 PMFはmono isotopicで、MSMSはaverageでShimadzu Biotech MALDI-MS softwareで作成してサーチしています。 リフレクターモードで測定しているので、ほぼすべて1+と考えてよいのですね。 MSは専門ではないため、あまり注意してなかったのですが、論文のリバイスで各ペプチドのprecursor chargeを表に加えるよう指摘があったため、MSCOTの結果にも表記されているのかと思い、質問させていただきました。

(無題) 削除/引用 No.9416-11 - 2021/01/09 (土) 00:36:47 - がぁが ピークリストファイルがaverageで作成したものである場合、Mascotの検索時にユーザーはそれもパラメーターとして設定できます。その場合得られる結果がどの程度信頼できるかはちょっとわかりません。 ピークリストはどうやって作成しているのでしょうか。rawのスペクトルからピークリストを作成するソフトウェアにmono isotopic、averageのどちらで作成するか選択する機能があると思います。 私の使用している機器の場合、リニアモードでは、チャージが2+、3+のイオンが盛大に出ますが、リフレクターモードではほとんど1+しか観測されず、1+のイオンのピークが非常に高い場合、そのm/zの1/2の位置に、2+のピークもわずかにみられる程度です。MS/MSはリニアモードではできない仕様ですし、プリカーサーもフラグメントイオンも主要なピークはほぼすべて1+と考えてよいと思います。

(無題) 削除/引用 No.9416-10 - 2021/01/08 (金) 20:05:34 - precursor charge がぁが様 ありがとうございます。勉強不足で大変申し訳ありません。 Mascotに表示されるものは自分が指定した値であり、 result fileからではなく、raw fileからスペクトル上、 同位体ピークの間隔が1.0(m/z)で、チャージは1+、0.5で、2＋とマニュアルで読み取る必要があるというわけですね。 手元にあるpeak fileはaverageで作成したものであり、monoisotopicのデータをraw fileが開けるPCで確認する必要があると理解しました。 またMALDI-TOF MSで飛ばして、作成したpeak fileからPeptide chargeをMrでサーチしてヒットしたペプチドは信頼できるものではないということになりますでしょうか？度々申し訳ありません。 よろしくお願いいたします。

(無題) 削除/引用 No.9416-9 - 2021/01/08 (金) 16:19:07 - がぁが Precursor chargeが1+か2+かは、検索時にユーザーがピークリストファイル内の記述や検索パラメーターで指定します。また、誤差範囲もユーザーが検索時に指定します。 検索結果にあるMr(expt)は実測値からチャージ分のプロトンの質量（1.008と申し上げましたが、1.0073が正しいようです）を引き算したものです。また、Mr(calc)はデータベースにある配列から計算したチャージしていない（プロトンの付加のない）ペプチドの分子量の理論値です。Mr(expt)とMr(calc)が、検索時に指定した誤差範囲内なので、そのタンパク質がヒットしてきた、ということになります。

(無題) 削除/引用 No.9416-8 - 2021/01/08 (金) 12:41:21 - precursor charge がぁが様 ありがとうございます。Mascot上では 1+と記載があるものがプロトン(H+)の分1.008を足したものであり、precursor chargeが1+ Mrと記載があるものは検索開始前に指定したパラメータの値 と理解しましたが、正しいでしょうか？ お手数おかけしますが、よろしくお願いいたします。

(無題) 削除/引用 No.9416-7 - 2021/01/08 (金) 11:17:39 - がぁが fromの後の括弧内の値が、サーバーに入力した値＝実測値です。チャージの情報は、実測値のファイル（ピークリスト）のファイルに記載されていて、記載されていない場合は、検索開始前に指定するパラメータの値となるようです。fromの前の値がデータベースの配列から計算した理論値で、これにプロトン(H+)の分1.008を足した値が実測値に誤差範囲で一致しているということです。Mrは相対分子質量の意味で、チャージとは関係ありません。

(無題) 削除/引用 No.9416-6 - 2021/01/07 (木) 20:04:17 - precursor charge がぁが様 ポジティブイオンモードに設定して分析しています。

(無題) 削除/引用 No.9416-5 - 2021/01/07 (木) 20:00:32 - precursor charge がぁが様 ご返信いただき、ありがとうございます。 例えば、 Match to Query 1: 2742.384201 from(2743.391592,1+) index(0) と表記されている場合は1+がそうでしょうか？ Mrと表記されているものもあるのですが、 この場合、データベース側のペプチド質量理論値（Mr）のことであり、 1+と等価と考えてよろしいのでしょうか？ お手数おかけしますが、よろしくお願いいたします。

(無題) 削除/引用 No.9416-4 - 2021/01/07 (木) 19:54:53 - がぁが 重ねてすみません。間違えました。正しくは 下記は、装置をポジティブイオンモードに設定して分析した場合についてです。

(無題) 削除/引用 No.9416-3 - 2021/01/07 (木) 19:51:54 - がぁが すみません。 下記は、装置をネガティブイオンモードに設定して分析した場合についてです。

(無題) 削除/引用 No.9416-2 - 2021/01/07 (木) 19:08:35 - がぁが MALDIでペプチドでしたら、リン酸化には関係なくチャージは1+のイオンが優勢に検出されませんか？スペクトル上では、同位体ピークの間隔が1.0(m/z)になっていれば、チャージは1+、0.5であれば、2＋です。MascotのMS/MS ions searchの結果では、タンパク質のアミノ酸配列中に検出されたペプチドの領域が赤く表示されるページにあるions scoreのリンクをクリックすると表示されるページに+1等の表記があります。

MS/MS Ion Search 削除/引用 No.9416-1 - 2021/01/06 (水) 18:07:36 - precursor charge すごく頭の悪い質問を承知でしますが、リン酸化ペプチドをMALDI-TOF MS/MSで飛ばしMascotでMS/MS Ion Searchした際、precursor chargeは、結果のどれを見たらよいでしょうか？よろしくお願いいたします。

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