Bio Technical フォーラム

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qPCRの統計について トピック削除
No.9391-TOPIC - 2020/12/24 (木) 23:01:51 - tomato
お世話になります。
qPCRで貯蔵日数の異なるトマトの細胞に含まれるPGをターゲット遺伝子、アクチンをハウスキーピング遺伝子にして発現量を測定しています。

用いるトマトは

day0:3個、day1(10℃):3個、day1(20℃):3個、day1(30℃):3個、day3(10℃):3個、day3(20℃):3個、day3(30℃):3個

それぞれの同じサンプルをテクニカルレプリケートとして3ウェルに入れて測定しています。
(注入回数はトマト3個×7種類×(PGとActinのテクニカルレプリケートの3+3)=126です)

その際、キャリブレータは@day0の3個のトマトの内の1つにして測定すべきか、Aday0の3個をキャリブレータに設定すべきか迷っています。


まだ、この実験は1回目であり、分からないことばかりのため、解析の仕方を教えて頂ければ幸いです。
 
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(無題) 削除/引用
No.9391-2 - 2020/12/25 (金) 06:55:17 - おお
https://www.google.com/url?sa=t&rct=j&q=&esrc=s&source=web&cd=&cad=rja&uact=8&ved=2ahUKEwj9xY-ryuftAhWIPM0KHcT5Cl8QFjADegQIDhAC&url=https%3A%2F%2Fwww.qiagen.com%2F~%2Fmedia%2Fd09403c0ec8240fcae5c839c32c171e4.ashx&usg=AOvVaw180U1kDnkbbQLK3nK77sGZ


んこれで飛べるかな、、、多分15ページに計算例があるよ。
キャリブレータと言うけど要するにControlというか何を基準にするかということでしょう。day0の3個のトマトの内の1つとかにすると、Day0のそれ以外の値とキャリブレータで平均するとちょうど1(=2^0)にならず、なんで基準にしたものが1にならないのかという気持ち悪い結果になる。

qPCRの統計について 削除/引用
No.9391-1 - 2020/12/24 (木) 23:01:51 - tomato
お世話になります。
qPCRで貯蔵日数の異なるトマトの細胞に含まれるPGをターゲット遺伝子、アクチンをハウスキーピング遺伝子にして発現量を測定しています。

用いるトマトは

day0:3個、day1(10℃):3個、day1(20℃):3個、day1(30℃):3個、day3(10℃):3個、day3(20℃):3個、day3(30℃):3個

それぞれの同じサンプルをテクニカルレプリケートとして3ウェルに入れて測定しています。
(注入回数はトマト3個×7種類×(PGとActinのテクニカルレプリケートの3+3)=126です)

その際、キャリブレータは@day0の3個のトマトの内の1つにして測定すべきか、Aday0の3個をキャリブレータに設定すべきか迷っています。


まだ、この実験は1回目であり、分からないことばかりのため、解析の仕方を教えて頂ければ幸いです。

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