もうちょっと追加しましょう。バックグランドが十分低い条件で形質転換するように心がけています。たとえば切断したベクター（cohesive、ブラントならアルホス処理をしっかりした上で）Ligationし形質転換してバックグランドを確認して、その結果を参照してバックグランドのコロニーが１０以下になる量を実際のLigationに使うと、バックグランドに埋もれてコロニーが見つかりにくいかもしれないと思いながら多数のコロニーを拾う必要がないです。
インサートの方はゲル抽出などで微量に存在するかもしれない細かいDNAフラグメントを除いておくべきです。そういうもののほうが効率よく入ってしまいますので、あなたの目的のDNAが入ったクローンが見つかりにくくなります。最悪何個拾ってもなんだかよくわからないクローンばっかりになってしまうこともまあまああることです。
Ligation後目的のモノ以外を除く方法もありえる選択肢でしょう。直接的なやり方であればLigationしてから電気泳動するとInsertがないプラスミドを除くこともできます。
間接的なやり方だと、例えばプラスミドをBamHIできって、インサート側の末端をBgl IIにしておくと、LiagationプロダクトをBamHIで切断してから形質転換すればベクター側はアルホス処理しなくてもバックグランドは取り除けます（もちろんインサート側にBamHIがないことが前提です）。ブランとでも応用可能です。 |
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