BioTechnicalフォーラム [システム生物学における細胞内物質量の推測]

システム生物学における細胞内物質量の推測

No.9366-TOPIC - 2020/12/09 (水) 17:57:09 - ta

平素よりお世話になっております。

初歩的な質問で申し訳ありません。
ただ、論文などでどのように考えているのか、よくわからないので質問させてください。

細胞のタンパク質の動きを微分方程式を用いて、予測しようとしているのですが、パラメータや細胞内のタンパク質の初期濃度がわからないため、苦戦しております。

論文などでは、実験結果から推測したなどと書いてあったりするのですが、一つの細胞のタンパク質濃度はどのように算出するのでしょうか？
　

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No.9366-9 - 2020/12/12 (土) 12:03:41 - ta

確かに、おっしゃられる通りですね。
局在のこと、忘れてました。

あーー、本当に頭の中だけでで考える数理生物の人達、天才すぎます、、、

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No.9366-8 - 2020/12/12 (土) 11:36:45 - s

> mRNA量とたんぱく量に関係性があるようなので、片方がわかればもう片方もわかるのかもしれませんね。

proteome全体で決定係数は0.4ぐらいなので、そんなにきれいに相関する訳ではなさそうです。細胞周期関連などだとmRNA量はほとんど変化せずにタンパク質量だけ変化する例も数多くあるでしょう。あとは局在の問題も。

当たり前の結論かもしれませんが、モデル化したいタンパク質の性質に応じて考える必要があると思います。

(無題)

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No.9366-7 - 2020/12/12 (土) 10:29:29 - ta

なるほど、数で捉える細胞生物学をまだ内容を読めてないのですが、項目を見てみるとmRNA量とたんぱく量に関係性があるようなので、片方がわかればもう片方もわかるのかもしれませんね。

私の当初の質問の仕方が悪かったのですが、細胞の全たんぱく量というよりかは、特定のタンパク質の量を推定できる方が、より最適でした。https://pax-db.org/　は、まさに目的通りのサイトで、ありがたい情報でした。ありがとうございます。

あとは、パラメーター設定か、、、、、、、。

全体的に理論生物学の方は、少ないのかなという印象なのですが、どうなのでししょうか？

(無題)

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No.9366-6 - 2020/12/11 (金) 21:54:45 - qq

https://pax-db.org/　　だと、ペプチド断片の検出頻度から存在量を推定するようなことをしているのかな？と思います。可能かもしれません。

それとは別に、細胞の体積が細胞質の体積と同じとおけるのかよくわからないですね。細胞堆積当たりでよいのであれば、ざっと推定できそうです。
細胞質の体積を推定する方法もあるような気がします。

(無題)

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No.9366-5 - 2020/12/11 (金) 14:27:12 - ta

ありがとうございます。
数理生物学入門や細胞の理論生物学といった書籍は、読んでいるのですが、なかなかほしい情報がなく、困っておりました。

数で捉える細胞生物学も購入してみたいと思います。
やはり、論文通りに計算することは出来ても、新しい情報を入れ込むことは難しいですね。

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No.9366-4 - 2020/12/10 (木) 16:24:22 - toto

読まれてるかもしれませんが。基本的なところの話は、羊土社から出てるMiloの「数でとらえる細胞生物学」が参考になります。いい本です。関係者ではありませんが。

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No.9366-3 - 2020/12/10 (木) 08:57:36 - s

how do i estimate cellular concentration of particular proteinsとか、普通に英語で質問を書いてググれば、それらしいドキュメントが大量にヒットしますが、それではだめなのでしょうか。