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(無題) 削除/引用 No.9350-8 - 2020/12/04 (金) 11:13:48 - たろー GAP junction関連を疑う場合はGAP juntion阻害剤でスクリーニングしてみてもいいかもしれませんね。時間と予算をかけるに値する現象なら、いくつか出ているようなunbiasedなスクリーニング入れると想定外のものが取れて面白いかもしれませんね。

(無題) 削除/引用 No.9350-7 - 2020/12/04 (金) 11:02:01 - cvgふ GAP junctionじゃなくて？てか多分それGAP junction関連と思うけど。 ていうか、細胞間接着はいくつか代表的なものがあり、いづれも過去においてすでに詳しく調べられているのだから、それぞれの接着様式に必要な主要なタンパク質をノックダウンしてどのタイプの細胞間接着が邪魔されると細胞死抑制効果が減弱するかを探れば良いと思う。

(無題) 削除/引用 No.9350-6 - 2020/12/04 (金) 10:03:49 - たろー 生化学ではないですが、二つの細胞の要素が混ざるとどうにも解釈難しいので、まずはA,B細胞それぞれにsplit GFPなどのコンタクトディペンデントに完成するレポーターを入れて細胞をソート、発現遺伝子など調べるのはいかがでしょうか。対象となる遺伝子は接着分子やマトリクスだけではなく、EGFのようなshedding 依存性のgroth factorなども含まれるかもしれません。

(無題) 削除/引用 No.9350-5 - 2020/12/04 (金) 09:59:07 - よっしー CRISPR-Cas9 を用いた全遺伝子ノックアウトライブラリを使えばきっかけが掴めるかもしれませんね．A細胞とB細胞の両方のライブラリーを作って，比較すればよりヒントが得られるかもしれません．

(無題) 削除/引用 No.9350-4 - 2020/12/04 (金) 09:58:36 - たろー 生化学ではないですが、A,B細胞それぞれにsplit GFPなどの接着依存性に完成するレポータを入れて細胞をソート、発現遺伝子など調べるのはいかがでしょうか。対象となる遺伝子は接着分子やマトリクスだけではなく、EGFのようなshedding 依存性のgroth factorなども含まれるかもしれません。

(無題) 削除/引用 No.9350-3 - 2020/12/04 (金) 06:45:29 - おお チャレンジングな研究ですね。 もし、いくらかの細胞死抑制効果がない細胞があるなら、RNseqで発現比較するのは絞り込みに使えるかもしれません。 ファンクショナルクローニングの系が組めれば良いのだけどいい方法があるかどうか。。。 細胞Bの細胞膜を単離して、そこにある蛋白をビオチンなどでラベルして細胞Aにかけて細胞死の抑制を確認しながら、細胞Aについている細胞Bの膜タンパクをストレプトアビジンで回収してMSで同定するとかできなくもなさそうですが、おそらくいろいろな蛋白がそれでも回収されるとおもうので、どこまでしぼれるか。細胞死抑制効果がない細胞でも同様にして効果がない蛋白リストを作るとかなり絞れるのかもしれない。

(無題) 削除/引用 No.9350-2 - 2020/12/03 (木) 19:38:45 - たろー いい提案が直ぐにうかばず恐縮ですが、そもそもA細胞の生存を促進するのはB細胞に特異的な現象でしょうか？特定の分子ではなく力学的なコンタクト自体が重要という可能性もあるかもと愚行しているのですが。

細胞ー細胞間の接着分子の同定方法 削除/引用 No.9350-1 - 2020/12/03 (木) 15:12:48 - aminosupli お世話になります。 分子の同定をどうやって進めようかと思って困っているのでお力添えいただきたいです。 概要： Aという細胞にストレスを与えるとA細胞は死にます。 この系にB細胞をあとから共培養すると、A細胞は細胞死を免れることが分かりました。 そこで、B細胞の細胞死抑制効果のメカをさぐったところ、どうやら、 分泌蛋白質ではないことが分かりました。 接着分子かマトリクスかわかりませんが、A細胞とB細胞のinteraction (physical contact)が重要だと思っています。 課題： interactionに関わるB細胞上の分子をとりたいが、どういった方法が考えられますでしょうか？ A細胞、B細胞、どちらもbaitとなるような分子が分からない中で、共培養した際の膜蛋白質のproteomicsをしても分からないですよね？ A細胞、B細胞の単独培養の時にも出ている分子かもしれないし、共培養でしか出てこない分子かもしれない。RNAseqを実施して、結合しそうな分子を発現しているかどうか調べる、というのもありかもしれませんが、もっと生化学的にできないものか、と思っています。 2つの細胞の接着が重要ということは分かっても、そこからどうするか、、、と攻めあぐねておりますので、こういった方法あるよ、というようなsuggestionでも良いのでご教授いただけますと幸いです。 よろしくお願いいたします。

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