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(無題) 削除/引用 No.9347-2 - 2020/12/04 (金) 10:09:08 - s MEGAを使ったことはほとんどないですが、ドキュメントを読む限り、採用されたサイトで片方または両方がギャップを持つOTUペアの比較についてはそのサイトが無視されるというだけのように思えます。Complete-deletionとPairwise-deletionの拡張としては、それが一番自然なのでは(Complete-deletionは基準を100%にとった場合、Pairwise-deletionは基準を0%にとった場合)。

Megaにおけるギャップの取り扱い 削除/引用 No.9347-1 - 2020/12/03 (木) 12:27:43 - とら Megaを使って系統樹を書く際に、Gaps/Missing Data TreatmentにComplete deletion・Partial deletion・Pairwise deletionの三つのオプションがあると思います。 Partial deletionのとき、指定した割合以上の配列が含まれているサイト（すなわち指定した割合以下のギャップが含まれているサイト）の情報のみで系統樹を書くことになると思うのですが、それでは、このとき採用されたサイト内のギャップはどのように扱われるのでしょうか？ すなわち、採用されたサイトのギャップがどの塩基にもなるワイルドカードとして計算されているのか、それとも単にギャップとして計算されているのか気になりました。 公式マニュアルを見渡しても記載がなく、詳しい方がいらっしゃいましたら回答いただけると幸いです。

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