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(無題) 削除/引用 No.9333-4 - 2020/11/25 (水) 08:30:38 - 初心者 おお様 ありがとうございます。 https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32102481/ Detection of LINE-1 hypomethylation in cfDNA of Esophageal Adenocarcinoma Patients こちらの文献を参考にしています。 コメントお願い致します。

(無題) 削除/引用 No.9333-3 - 2020/11/25 (水) 07:20:36 - おお >[Re:2] おおさんは書きました : > 2^-{<MspIのCt>-<DWのCt>}はFold changeで直線的な割合としての％を見ることにはなりません。 > あ、ごめんなさい二倍になったら２００％となるわけだから％表示がおかしいわけではありませんでしたこの部分は訂正します。

(無題) 削除/引用 No.9333-2 - 2020/11/25 (水) 04:13:14 - おお 突っ込みどころが満載ですが、 MspIはメチレーションの影響を受けませんので、その実験はメチレーションを見れません。 2^-{<MspIのCt>-<DWのCt>}はFold changeで直線的な割合としての％を見ることにはなりません。 そのうえで確かにコントロールのCt値が大きくなり１００を超えることは理論上ありえないので実験上の（避けられるか避けられないかはおいといて）エラーだと思います。制限酵素処理によりかかりやすくなったりとかまあありそうな気もしますので。２００％と言う事ならそれはそれぐらいの誤差は生じるだろうということを念頭に、じっさいは１００％の解釈でいいと思います（ただしすでに述べたようにFold changeは直接割合として示せません）。 読んだ文献を明示していただけませんか？

制限酵素処理によるメチル化解析について 削除/引用 No.9333-1 - 2020/11/24 (火) 16:42:53 - 初心者 はじめまして、メチル化の解析を始めたばかりのものです。 とある遺伝子のメチル化を評価するため、制限酵素（MspI）処理したものとDWで処理したものを制限酵素部位を挟んだrealtimePCRを設計し、2^-{<MspIのCt>-<DWのCt>}x100という式でメチル化の％を計算する方法をとっています。 （過去の同様な文献を参照しました） その結果、メチル化が20%や50%という結果がでているのですが、時々200%といった100%を超える結果が出てしまいます。 （要するに制限酵素処理したサンプルのCt値がDWでのCt値を下回る） これはどう解釈していいか、ご意見を頂けませんでしょうか。 100%を超えるものは単純に100%メチル化していると考えればよいのか、それともHyperメチレーションというものなのか、手技の問題ないの、ご教授いただけませんでしょうか。

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