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FACSのヒストグラムの見方について トピック削除
No.933-TOPIC - 2012/09/15 (土) 12:40:09 - FACS初めてです。
FACSのヒストグラムでネガコンをアイソタイプコントロールでとっています。

ポジコンは既報の抗体で染色しています。

検出はFITCがついて2次抗体で、チャンネルはFL1で見ています。単染色です。

私はFACSを今週やり始めたばかりの臨床系大学院一年目です。
FL1の横軸はlogで表示させているため、10の1乗以下に出現するネガコンのピークと、10の3乗あたりに出るポジコンのピークのAUC(area under the curve)はなぜ同じなのでしょうか。

横軸がlogであれば、10の3乗あたりに出るピークのAUCは単純に考えればネガコンに比べ小さくなるのではないでしょうか?正確にAUCを求めたわけではありませんし、しかし結果を見るとAUCは同じくらいかな?と主観ですが、思ってしまいます。

この事に付き、みなさんのご意見を伺わせていただけないでしょうか?
よろしくお願い致します。
 
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(無題) 削除/引用
No.933-5 - 2012/09/16 (日) 03:16:48 - おお
AUCは細胞数(蛍光粒子数)の総和であって、蛍光強度とは関係ないからではないでしょうか。蛍光強度は(軸の置き方にもよるけど)右にシフトすることで読み取れるようになってるのではないですか?

(無題) 削除/引用
No.933-4 - 2012/09/16 (日) 00:53:27 - 直輝
理屈的にはAUCは同じになるでしょう。

ヒストグラムの各棒グラフの階級の幅はLog換算で一定なので、

FL1 / 細胞数
10^0〜10^0.1 / 50細胞
10^0.1〜10^0.2 / 100細胞
10^0.2〜10^0.3 / 250細胞
10^0.3〜10^0.4 / 120細胞
・・・・

という感じでヒストグラムは書かれています。
上の例だと階級の幅は0.1なので(実際はいくらなのかは知りませんが)
AUC=0.1×(総細胞数)になります。

10^3付近のヒストグラムでも同じ理屈でAUC=0.1×(総細胞数)になります。

(無題) 削除/引用
No.933-2 - 2012/09/15 (土) 22:24:11 - ?
言われることがよくわからないけど、もし、2サンプルに100%と0%の抗原があって、抗体が完璧にそれを検出したとします。

100% ポジコンが移動したということでしたら、ありえます。

FACSのヒストグラムの見方について 削除/引用
No.933-1 - 2012/09/15 (土) 12:40:09 - FACS初めてです。
FACSのヒストグラムでネガコンをアイソタイプコントロールでとっています。

ポジコンは既報の抗体で染色しています。

検出はFITCがついて2次抗体で、チャンネルはFL1で見ています。単染色です。

私はFACSを今週やり始めたばかりの臨床系大学院一年目です。
FL1の横軸はlogで表示させているため、10の1乗以下に出現するネガコンのピークと、10の3乗あたりに出るポジコンのピークのAUC(area under the curve)はなぜ同じなのでしょうか。

横軸がlogであれば、10の3乗あたりに出るピークのAUCは単純に考えればネガコンに比べ小さくなるのではないでしょうか?正確にAUCを求めたわけではありませんし、しかし結果を見るとAUCは同じくらいかな?と主観ですが、思ってしまいます。

この事に付き、みなさんのご意見を伺わせていただけないでしょうか?
よろしくお願い致します。

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