Bio Technical フォーラム

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siRNAの非特異的な作用? トピック削除
No.9324-TOPIC - 2020/11/21 (土) 15:45:03 - こあら
RT-qPCRを行っています。

ある遺伝子Xのノックダウン効果が確認できているsiRNAが二種類あります(#1、#2とおきます)。

#1のほうでは、遺伝子YのmRNA levelが減少(有意差あり)しており、それが、siRNA-resistantなX発現プラスミドで、レスキューできることも確認しています。

一方、#2のほうでは、何度試しても、YのmRNA levelが減少しません。

XのsiRNAの非特異的な作用をみているのかと心配になったのですが、レスキュー実験もできていることから、原因がわかりません。

どなたか、思い当たる節がある方、ご教授いただければと思います。
また、みなさんなら追加でどんな実験をするのかも教えて頂きたいです。

素人質問ですが、よろしくお願いします。
 
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(無題) 削除/引用
No.9324-4 - 2020/11/23 (月) 18:54:40 - ymd
バリアントがあるんじゃないですか

(無題) 削除/引用
No.9324-3 - 2020/11/23 (月) 01:10:47 - vbjkm
わざわざ複数売ってるということは、実験のタイプや細胞やその他色々な要因で効き方に差異があるからと思う。少し前まではよく、3本買えば確率的に2本はあたりであることを保証しますみたいな言い方でうってたし。そういうものじゃないかと。違うかな。

(無題) 削除/引用
No.9324-2 - 2020/11/21 (土) 16:21:19 - おお
オフターゲットという言葉が浮かびますが。#1、#2のKD効果は同じくらいですか?

siRNAの非特異的な作用? 削除/引用
No.9324-1 - 2020/11/21 (土) 15:45:03 - こあら
RT-qPCRを行っています。

ある遺伝子Xのノックダウン効果が確認できているsiRNAが二種類あります(#1、#2とおきます)。

#1のほうでは、遺伝子YのmRNA levelが減少(有意差あり)しており、それが、siRNA-resistantなX発現プラスミドで、レスキューできることも確認しています。

一方、#2のほうでは、何度試しても、YのmRNA levelが減少しません。

XのsiRNAの非特異的な作用をみているのかと心配になったのですが、レスキュー実験もできていることから、原因がわかりません。

どなたか、思い当たる節がある方、ご教授いただければと思います。
また、みなさんなら追加でどんな実験をするのかも教えて頂きたいです。

素人質問ですが、よろしくお願いします。

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