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(無題) 削除/引用 No.9318-2 - 2020/12/01 (火) 02:42:33 - 橘 SAM/BAMファイルになっているなら、samtoolsのmpileupコマンドの出力をbcftoolsに与えてvcfを作成できます。 そして、vcftoolsのvcf-consensusコマンドを用いることで、vcfの内容をリファレンスのFASTAに反映させたFASTAを作成することができます。

次世代でのリードマッピング後の変異箇所の反映方法 削除/引用 No.9318-1 - 2020/11/19 (木) 16:20:13 - だる BACでのクローニングを行っています。 インサート配列を確認するため、illumina_iSeqによるシーケンシングを行い、 リファレンス配列にマッピングしたところ、複数箇所に変異が入っていることがわかりました。 その変異情報を元に配列を書き直したいと考えております。 ただ、現在IGVを使ってマッピング結果を確認しているのですが、 変異部位を元にリファレンス配列を手作業で書き直すのが面倒です。 マッピング結果を配列情報に出力する方法などございましたら、 ご教授いただけると幸いです。

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