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上付き文字の見方（初歩的な質問） トピック削除
No.9313-TOPIC - 2020/11/16 (月) 23:43:05 - sugar
愚問で申し訳ございません。

バイオマーカーの右上についている上付き文字（+, -, high, low）はどう読めばいいのでしょうか。
例えば、マクロファージのマーカーを紹介しているページで
CD11c（上付きでhigh）
とあった場合、"high level"ということかなと思いました。
それでいくと、
high: high level
low: low level
+: 陽性
-: 陰性
と解読したのですが、陰性=発現しないものはそもそもマーカーを示す必要がないなと思い、どう読めばいいのか分からなくなりました。
"-: 極めて低い"とかでしょうか。

初歩的な質問ですみません。
調べてみたのですが、愚問すぎるのか答えが見つからず。
誰か教えていただけますと幸いです。
　
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(無題) 削除/引用
No.9313-4 - 2020/11/19 (木) 17:41:10 - ど素人
まず sugar 様のご認識はほぼ正しいと思いますので、ご謙遜は不要かと思います。

ただし、発現しないものはマーカーを示す必要がない、というのがよく分かりません。
ある細胞集団において、マーカーXが陰性であるということは、重要な情報になります。
たとえば一般論としては、T細胞はCD19(-)ですしB細胞はCD3(-)です。
このようなことを確認するのは、必要ない場合もありますが、時には重要でありえます。

例えば以下の表のようにフェノタイピングが複雑な場合をご覧いただけると、少しご納得いただけるかもしれません。

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3824047/table/tbl1/?report=objectonly

なお、厳密にいうと、FACSにてある細胞におけるとある分子の発現が完全にネガティブであることを示すのは実は不可能に近いです。

FACSで明るく蛍光標識できるのは一般に膜上に 10 万分子程度発現している場合で、CD45、CD3、CD4、CD8、CD20などはそのような分子です。膜上に 1 万分子ぐらいですと暗い標識になり、1000分子くらいですとほぼ (-) にみえてしまう場合もあります。

FACS はシングルセル解析なので感度には限界があり、一般的に陰性とよばれる細胞集団が、実際は実験的に陰性であることを証明されていない場合があることには注意が必要です。これは仮に isotype control を置いても完全には解消されない問題です。

その意味で、(high, intermediate, low) という表記は実は (+, -)よりもいく分か理知的な表記かもしれません。

しかし磁気ビーズによる negative selection はうまくやると FACS より高感度でありえます。

(無題) 削除/引用
No.9313-3 - 2020/11/17 (火) 09:47:31 - たぶん
FACSで山が3つできたときはpositiveをlowとhigh に分けてる
陰性はコントロールと同じ山
ていうのが最初では。

(無題) 削除/引用
No.9313-2 - 2020/11/17 (火) 05:10:33 - おお
>と解読したのですが、陰性=発現しないものはそもそもマーカーを示す必要がないなと思い、どう読めばいいのか分からなくなりました。

発現がないことが分類の条件になる事があるので、明記する必要があると思います。何も書かなかったらやってないかやったのかも不明ですし。＋ーの分類は陽性、陰性でいいかなと感覚的に思います。表現するルールがあるかもしれませんが私は知りません。

上付き文字の見方（初歩的な質問） 削除/引用
No.9313-1 - 2020/11/16 (月) 23:43:05 - sugar
愚問で申し訳ございません。

バイオマーカーの右上についている上付き文字（+, -, high, low）はどう読めばいいのでしょうか。
例えば、マクロファージのマーカーを紹介しているページで
CD11c（上付きでhigh）
とあった場合、"high level"ということかなと思いました。
それでいくと、
high: high level
low: low level
+: 陽性
-: 陰性
と解読したのですが、陰性=発現しないものはそもそもマーカーを示す必要がないなと思い、どう読めばいいのか分からなくなりました。
"-: 極めて低い"とかでしょうか。

初歩的な質問ですみません。
調べてみたのですが、愚問すぎるのか答えが見つからず。
誰か教えていただけますと幸いです。
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